Одногодичная война подходит к концу. Потерпев поражение на Земле, силы Зеона отступают. Амуро Рэй узнаёт больше о своих Ньютайп-способностях и пытается использовать их. Ему суждено вновь столкнуться со злейшим врагом, Чаром Азнаблем, который тоже является Ньютайпом. Грядёт великая битва, близкие люди снова в опасности. Сможет ли Федерация Земли победить Герцогство Зеон, или они потерпят неудачу? Докажет ли Амуро, что он лучший Ньютайп?

Война продолжается, на Земле и в космосе идут ожесточенные схватки. Амуро Рэй и экипаж «Белой Базы» должны проложить путь к штаб-квартире Федерации Земли, осаждаемой Зеоном. На пути их подстерегают новые враги и множество препятствий, которые они должны преодолеть. Хватит ли Амуро жизненного опыта и навыков пилота, чтобы пройти через все препятствия, уготованные судьбой?

Год 0079 Вселенского Века. Человечество в связи с перенаселённостью Земли вынуждено эмигрировать на космические колонии, называемые Стороны. Сторона-3, провозгласив себя суверенным Герцогством Зеон, объявляет войну Земной Федерации. В то же время Амуро Рэй обнаруживает Гандам, секретное оружие Земной Федерации, способное изменить исход войны. С этих пор Амуро и экипаж крейсера «Белая база» должны противостоять Зеону для того, чтобы закончить войну.