1968 год. Время беспорядков. Мир вовлечён в войну во Вьетнаме. Большинство развивающихся стран, в частности и Япония, переживали смутное время массовых протестов и антиправительственных митингов со стороны молодых граждан. В это время таинственный молодой человек с чёрно-белыми волосами и шрамом на лице, отвернувшийся от господствующих настроев, сражался один на один в своих бесконечных битвах за жизнь.Молодой и преданный идеалу истинного врача Куро Хазама — тот самый человек, тело которого с ног до головы покрыто шрамами, в будущем будет известен как Чёрный Джек — тот самый гениальный нелицензированный врач, способный бросить вызов воле самого Бога ради спасения жизни каждого из своих пациентов. Даже несмотря на то, что сейчас он обычный студент-медик в Токийском университете, его гениальным навыкам владения хирургическим скальпелем могут позавидовать многие известнейшие доктора того времени. Именно эти навыки и непоколебимая вера в клятву Гиппократа выкуют в горниле лжи и несправедливости одного из немногих мастеров своего дела, чьё имя будут произносить шёпотом, а его слава — шириться в невообразимых масштабах.Эта героическая история поведает нам о том, как этот никому не известный юноша, получивший в своё время в дар от своего доктора-спасителя Джотаро Хонмы самое ценное, что только можно получить в этом мире — жизнь, перевернёт все законы того времени, чтобы стать тем, кем он сам никогда не хотел быть.

Сиквел, не имеющий прямого отношения к оригинальному сюжету. Чёрный Джек пытается узнать причины взрыва, убившего его мать и тяжело ранившего его самого, постепенно раскрывая секреты таинственной преступной организации и проекта «Нуар», в который его отец и другие знаменитые врачи когда-то были вовлечены.

Мега-корпорация «Дедал Групп» подвергается террористической атаке небольшой группы активистов, известных как Дух Икара. Во время лечения жертвы взрыва Блэк Джек встречает доктора Кирико, также известного, как Воплощение Смерти, который вместо того, чтобы спасать своих пациентов, предлагает им безболезненную смерть. Когда группа активистов просит обоих врачей о сотрудничестве, Блэк Джек оказывается пойман в круговорот жизни, смерти и предательства, пытаясь спасти своих пациентов и избежать начала биологической войны, которая может уничтожить человечество.

В медицине есть имя, произносимое шёпотом. Гениальный нелицензированный врач, который может спасти жизнь — за плату, конечно. Его зовут Чёрный Джек, и это человек, живущий только по своим правилам, да ещё одному — клятве Гиппократа. Человек, способный бросить вызов воле самого Бога ради спасения жизни.