Долгая и затяжная война между человечеством и расой разумных машин, называемыми «механоидами», наконец-то подошла к концу. Когда власть механоидов во Вселенной расширилась, и Земля практически перешла под их контроль, обе стороны, хоть и с неохотой, но приняли перемирие. Зеро, адмирал флота человечества в Великой Галактической войне, теперь служит капитаном буксирного судна и, даже потеряв на войне всю семью, продолжает так же верно защищать Землю. В одном из заданий на буксирном судне Зеро попадает под атаку неизвестного пиратского корабля, прозванного «Тенью смерти», и даёт бой, который, однако, проигрывает. Позднее командование поручает Зеро миссию: захватить внушающего страх на всю Галактику легендарного пирата капитана Харлока, который, как выяснилось, был тем самым нападавшим. Теперь уже под флагом Независимого Флота, вместе со своим бывшим военным линкором «Кария» и командой, состоящей из механоидов и людей, Зеро придётся обыскать всю Вселенную, чтобы выйти на след легендарного пирата.

Потеряв всякую надежду, королева давно обреченной на смерть гигантской замороженной планеты Ла-Метал приказала всем поданным заменить свои тела на механические, чтобы дать им последний шанс на выживание. Но цена новых бессмертных тел оказалась высока — все жители планеты утратили человеческий разум. Превратившись в бездушного робота, Ла Андромеда Прометия II, королева Ла-Метал, решила механизировать все человечество. Дочери королевы, Мэйтэл и Эмеральда, увидев последствия использования искусственных тел, встали перед выбором: бороться с людьми против механоидов или же последовать пути своей матери.Мэйтэл, после того как отказалась механизировать свое тело и сбежала с родной планеты, получает от обретшей прежний человеческий разум матери предложение вернуться домой и стать новой правительницей Ла-Метал. Но действительно ли королева вернула свою человечность?

Однажды, когда все враги Земли были повержены, капитан Харлок оставил свою команду, отправившись бороздить просторы космоса в одиночестве. Но мир и спокойствие не продлились долго. Харлок встречает нового по-настоящему ужасного врага, с которым не сможет справиться в одиночку.На одной из археологических миссий профессор Дайба невольно пробуждает злую расу, называемую «ну», которая силой страха правила Вселенной ещё до рождения человечества. Спустя пять лет после миссии древнее зло набрало былую силу и, желая обратить мир в первоначальный хаос, начало претворять свой коварный план в жизнь.Космический пират капитан Харлок вновь собирает свою команду! Вместе с былыми товарищами: Кэй Юки, доктором Зеро и первым помощником Яттараном, а также присоединившемуся к команде «Аркадии» сыном профессора, Тадаси Дайбой, Харлок отправляется в бой с таинственным врагом, чтобы в очередной раз защитить Землю.

2977 год. Человечество перестало развиваться. Все работы выполняются машинами, в то время как люди тратят всё своё время на развлечения. Когда таинственная инопланетная раса мазонов начинает вторжение, земное правительство не принимает попыток борьбы за независимость, и только легендарный космический пират капитан Харлок, вместе со своим экипажем и звездолётом «Аркадия», решает в одиночку вести борьбу против инопланетных агрессоров.