Сиквел, не имеющий прямого отношения к оригинальному сюжету. Чёрный Джек пытается узнать причины взрыва, убившего его мать и тяжело ранившего его самого, постепенно раскрывая секреты таинственной преступной организации и проекта «Нуар», в который его отец и другие знаменитые врачи когда-то были вовлечены.

Чёрный Джек — врач без лицензии с туманным, таинственным прошлым. Он работает со своей маленькой помощницей Пиноко, имея дело с малоизвестными, странными и необъяснимыми медицинскими случаями. Но он гений и может спасти жизнь почти любого из своих пациентов (если у них есть на это деньги), и он довольно известен во всём мире, особенно среди врачей и учёных. Он и сам человек науки и не склонен верить тому, чего не видел лично, однако множество раз он становится свидетелем удивительных событий, которые невозможно объяснить научно.

Мега-корпорация «Дедал Групп» подвергается террористической атаке небольшой группы активистов, известных как Дух Икара. Во время лечения жертвы взрыва Блэк Джек встречает доктора Кирико, также известного, как Воплощение Смерти, который вместо того, чтобы спасать своих пациентов, предлагает им безболезненную смерть. Когда группа активистов просит обоих врачей о сотрудничестве, Блэк Джек оказывается пойман в круговорот жизни, смерти и предательства, пытаясь спасти своих пациентов и избежать начала биологической войны, которая может уничтожить человечество.

Чёрный Джек — «хирург от Бога», таинственный молодой японский врач, который путешествует по миру, проявляя чудеса хирургического гения. Хотя все признают его мастерство, Чёрного Джека многие ненавидят, особенно в медицинских кругах, поскольку он отказывается следовать каким-либо правилам и требует возмутительные гонорары за свои услуги. Доктора Чёрного Джека везде сопровождает его помощница Пиноко, маленькая девочка, настаивающая, что она — его жена.