Почти на всех планетах во вселенной, в том числе и на Земле, люди устали быть под гнётом Механизированной империи и устроили восстание. Тэцуро Хосино уже несколько лет участвует в неутихающей войне на Земле. Люди проигрывают, а Тэцуро находится в отчаянии, но вдруг видит, как на Землю прибывает Галактический экспресс 999, а через некоторое время ему в руки попадает сообщение от Мэйтел с просьбой вернуться на 999-й. С боем он кое-как прорывается на станцию и отбывает на поезде в своё новое приключение, полное тайн и загадок.

Однажды, когда все враги Земли были повержены, капитан Харлок оставил свою команду, отправившись бороздить просторы космоса в одиночестве. Но мир и спокойствие не продлились долго. Харлок встречает нового по-настоящему ужасного врага, с которым не сможет справиться в одиночку.На одной из археологических миссий профессор Дайба невольно пробуждает злую расу, называемую «ну», которая силой страха правила Вселенной ещё до рождения человечества. Спустя пять лет после миссии древнее зло набрало былую силу и, желая обратить мир в первоначальный хаос, начало претворять свой коварный план в жизнь.Космический пират капитан Харлок вновь собирает свою команду! Вместе с былыми товарищами: Кэй Юки, доктором Зеро и первым помощником Яттараном, а также присоединившемуся к команде «Аркадии» сыном профессора, Тадаси Дайбой, Харлок отправляется в бой с таинственным врагом, чтобы в очередной раз защитить Землю.

2977 год. Человечество перестало развиваться. Все работы выполняются машинами, в то время как люди тратят всё своё время на развлечения. Когда таинственная инопланетная раса мазонов начинает вторжение, земное правительство не принимает попыток борьбы за независимость, и только легендарный космический пират капитан Харлок, вместе со своим экипажем и звездолётом «Аркадия», решает в одиночку вести борьбу против инопланетных агрессоров.