События в городе Аламос принесли за собой ряд глобальных изменений в атмосфере. Завеса измерений стала хрупка, что позволило легендарному покемону Гиратине покинуть пределы своего измерения и вступить в бой с Диалгой. По какой-то причине под раздачу попал и маленький покемон Шеймин. Убегая от гнева Гиратины, она прибивается к месту пикника Сатоши, Хикари и Такэши. Юные путешественники решают отнести ослабевшую Шеймин в центр покемонов, и тут начинается их новое приключение!

Сакаки, лидер команды «R», находит сбежавшего Мьюту в одном из отдалённых районов региона Джото и собирается вновь поймать его, похищая и используя в качестве приманки его подопечных, покемонов-клонов.В это время Сатоши и его друзья попадают в плен к новому члену команды «R» — Домино. Начинается битва за жизнь, во время которой Мьюту предстоит понять, есть ли у покемонов, созданных с помощью науки, предназначение в жизни.

Сатоши и его друзья отправляются в Ларусс, где они встречают мальчика по имени Тоои, который после перенесённой четыре года назад психологической травмы боится покемонов. В это время полностью оправившийся после боя Деоксис атакует Хоэнн, установив барьер вокруг города и похищая людей. Покемон по имени Рейкваза, живущий в озоновом слое Земли, приходит, дабы одолеть его.

Сатоши, Касуми и Такэши попадают в столицу воды — Альтомар. Здесь они совершенно случайно встречают Латиас и Латиоса — покемонов-хранителей сокровища «Капля сердца», о существовании которых в городе ходят легенды.Всемирно известные воровки Заннер и Лион стремятся завладеть таинственным артефактом, и их действия грозят стереть Альтомар с лица земли.

Маму Сатоши, Ханако, похищает могущественный покемон Энтэй, которого люди долгое время считали вымышленным. Происходит это по вине Ми Сноудон — маленькой девочки, пожелавшей вернуть своих родителей. Задача Сатоши — спасти мать и вырвать девочку из её собственных мечтаний, ставших кошмарами по вине загадочных и неукротимых покемонов — аноунов!

С помощью генной инженерии учёные начали воссоздавать редких и вымерших покемонов по анализу ДНК. Однажды, в одной из секретных лабораторий, вывели Мьюту. Он был создан из ДНК легендарного покемона — Мью.В это же время нашим героям — Эшу, Мисти и Броку — приходит приглашение на боевой турнир покемонов.Что ждёт ребят? Кто тайный организатор турнира? Сможет ли Эш стать чемпионом?