Прошёл год, к власти на Земле пришли люди, но даже так на ней не стало лучше жить. Знать, захватившая власть, продолжает унижать простых людей. Тэцуро Хосино не понравились данные порядки, он открыто выразил недовольство и угодил в тюрьму. За проступки ему грозит смертная казнь, но Галактический экспресс с Мэйтел на борту прибывает, чтобы спасти юношу. Тэцуро узнаёт, что виной всему, что происходит на Земле, является Владыка Тьмы. И ставит перед собой цель остановить его и спасти Землю во что бы то ни стало.

Далёкое будущее. Земля и бо́льшая часть человечества порабощены воинственной империей Иллюмидус. Харлок — капитан «Призрачной смерти», космического крейсера, перевозящего беженцев, один из немногих оставшихся противников тирании инопланетных захватчиков — тоже терпит поражение. Подвергшись атаке оккупационных сил Иллюмидуса, он вынужден совершить посадку на одной из захваченных врагами баз Земли.На захваченной Иллюмидусом базе Харлок встречает Тотиро Ояму, который показывает ему великолепный линкор, созданный им по потерянным технологиям своих предков, и называет его «Аркадия», в честь родины клана благородных пиратов-рыцарей Харлоков.Космический капитан Харлок, последний потомок из клана пиратов-рыцарей, начинает свой путь, чтобы освободить Землю и всё человечество.

2024 год. Практически вся поверхность Земли была уничтожена падением огромного метеорита. В начавшемся после ужасающей катастрофы хаосе таинственная военная организация «Трейдер Форс» полностью узурпировала власть над планетой. Человечество погрузилось в новую тёмную эру под предводительством безжалостных тиранов. И теперь единственная надежда для медленно умирающей Земли — это загадочная инопланетянка по имени Мелло, как-то связанная с падением того самого метеорита.

Дикий Запад — место, где человек может почувствовать себя по-настоящему живым. Суровая и беспощадная пустошь, где слабому не дано право мечтать. Священная земля для настоящих мужчин. Морской пират Харлок и странствующий самурай Тотиро, вместе с таинственной женщиной Синунорой, путешествуют по западной границе США в поисках потерянного клана японских самураев, эмигрировавших когда-то в Америку. Друзья бросают вызов местным бандитам, продажным шерифам и любому, кто встанет у них на пути. Они не остановятся ни перед чем, пока не достигнут цели.

Долгая и затяжная война между человечеством и расой разумных машин, называемыми «механоидами», наконец-то подошла к концу. Когда власть механоидов во Вселенной расширилась, и Земля практически перешла под их контроль, обе стороны, хоть и с неохотой, но приняли перемирие. Зеро, адмирал флота человечества в Великой Галактической войне, теперь служит капитаном буксирного судна и, даже потеряв на войне всю семью, продолжает так же верно защищать Землю. В одном из заданий на буксирном судне Зеро попадает под атаку неизвестного пиратского корабля, прозванного «Тенью смерти», и даёт бой, который, однако, проигрывает. Позднее командование поручает Зеро миссию: захватить внушающего страх на всю Галактику легендарного пирата капитана Харлока, который, как выяснилось, был тем самым нападавшим. Теперь уже под флагом Независимого Флота, вместе со своим бывшим военным линкором «Кария» и командой, состоящей из механоидов и людей, Зеро придётся обыскать всю Вселенную, чтобы выйти на след легендарного пирата.

Действие происходит в далёком будущем, когда человечество расселилось по всем уголкам Вселенной и межгалактические перелёты стали реальностью. Хироси Умино — молодой парень, мечтающий обзавестись своим собственным кораблём и отправиться бороздить просторы космоса.Целеустремлённый Хироси отправляется на планету Дайбаран, так как слышал, что его кумир Тотиро Ояма когда-то построил из находящихся там энергетических кристаллов настоящий линкор. На Дайбаране Хироси встречает Эмеральду, известную во Вселенной женщину-пирата, по неизвестным причинам в одиночестве странствующую на огромном корабле под названием «Королева Эмеральда», которая спасает его от группы воинственных афрессианцев, оказавшихся на планете как раз в поисках Эмеральды.В конце концов Хироси строит свой долгожданный корабль и отправляется в путь, время от времени снова сталкиваясь в своих приключениях с Эмеральдой. Но что же на самом деле связывает их вместе? И откуда Эмеральда знает Тотиро?

Мальчик по имени Хосино Тэцуо хочет жить вечно. Но если он хочет жить вечно, ему нужно получить механическое тело. Для того чтобы его получить, он отправляется на поезде в космическое пространство вместе с Мэйтел, загадочной и прекрасной женщиной (поезд называется Галактический экспресс 999). Сериал, в котором с Тэцуо происходят различные приключения и встречи с различными существами, заставляет задуматься о жизненных ценностях.

Потеряв всякую надежду, королева давно обреченной на смерть гигантской замороженной планеты Ла-Метал приказала всем поданным заменить свои тела на механические, чтобы дать им последний шанс на выживание. Но цена новых бессмертных тел оказалась высока — все жители планеты утратили человеческий разум. Превратившись в бездушного робота, Ла Андромеда Прометия II, королева Ла-Метал, решила механизировать все человечество. Дочери королевы, Мэйтэл и Эмеральда, увидев последствия использования искусственных тел, встали перед выбором: бороться с людьми против механоидов или же последовать пути своей матери.Мэйтэл, после того как отказалась механизировать свое тело и сбежала с родной планеты, получает от обретшей прежний человеческий разум матери предложение вернуться домой и стать новой правительницей Ла-Метал. Но действительно ли королева вернула свою человечность?

Почти на всех планетах во вселенной, в том числе и на Земле, люди устали быть под гнётом Механизированной империи и устроили восстание. Тэцуро Хосино уже несколько лет участвует в неутихающей войне на Земле. Люди проигрывают, а Тэцуро находится в отчаянии, но вдруг видит, как на Землю прибывает Галактический экспресс 999, а через некоторое время ему в руки попадает сообщение от Мэйтел с просьбой вернуться на 999-й. С боем он кое-как прорывается на станцию и отбывает на поезде в своё новое приключение, полное тайн и загадок.

Однажды, когда все враги Земли были повержены, капитан Харлок оставил свою команду, отправившись бороздить просторы космоса в одиночестве. Но мир и спокойствие не продлились долго. Харлок встречает нового по-настоящему ужасного врага, с которым не сможет справиться в одиночку.На одной из археологических миссий профессор Дайба невольно пробуждает злую расу, называемую «ну», которая силой страха правила Вселенной ещё до рождения человечества. Спустя пять лет после миссии древнее зло набрало былую силу и, желая обратить мир в первоначальный хаос, начало претворять свой коварный план в жизнь.Космический пират капитан Харлок вновь собирает свою команду! Вместе с былыми товарищами: Кэй Юки, доктором Зеро и первым помощником Яттараном, а также присоединившемуся к команде «Аркадии» сыном профессора, Тадаси Дайбой, Харлок отправляется в бой с таинственным врагом, чтобы в очередной раз защитить Землю.

2977 год. Человечество перестало развиваться. Все работы выполняются машинами, в то время как люди тратят всё своё время на развлечения. Когда таинственная инопланетная раса мазонов начинает вторжение, земное правительство не принимает попыток борьбы за независимость, и только легендарный космический пират капитан Харлок, вместе со своим экипажем и звездолётом «Аркадия», решает в одиночку вести борьбу против инопланетных агрессоров.