События разворачиваются в параллельном мире после окончания первой арки «Инадзума 11» и рассказывают историю с точки зрения трёх главных героев — Рёхэя Хайзаки, Асуто Инамори и Юмы Носаки.Группа ребят, живущих на острове, очень любит играть в футбол, но их футбольный клуб внезапно закрывают, и единственный способ вернуть его — выиграть «Футбольный рубеж».Протагонист Асуто Инамори и его друзья покидают остров и отправляются в Токио, чтобы поступить в среднюю школу Раймон и испытать себя в «Футбольном рубеже». Но их первый матч — против главных претендентов на победу Академии Сэйшо.

Главный герой — Мамору Эндо — очень талантливый вратарь и внук одного из сильнейших вратарей в Японии, который умер незадолго до его рождения. Даже несмотря на его выдающиеся навыки, школе Мамору не хватает настоящего футбольного клуба, в котором еще шестеро игроков не заинтересованы даже в тренировках. Но как только появляется загадочный нападающий Шуя Гоэнджи, юный вратарь пытается завербовать игроков в футбольный клуб.