Прошло два года с окончания войны между EAF и Координаторами. В мире установились шаткие покой и равновесие, которые, впрочем, не устраивают ни тех, ни других. Чтобы возобновить конфликт, группа координаторов направляет колонию Юниус 7 на Землю, рассчитывая на то, что её падение уничтожит практически всё население Земли. Силами ZAFT колония взорвана, но её осколки наносят поверхности планеты огромный урон, и война разгорается с новой силой. Главные герои вынуждены вновь взяться за оружие, чтобы спасти мир, которым они так дорожат.

В разгаре войны между натуралами (OMNI) и координаторами (ZAFT) некий боец-координатор отправлен раздобыть недавно произведённый Земным альянсом в колонии натуралов Гелиополисе мобильный доспех. Координатор гражданской сферы Кира Ямато посещает технический колледж Гелиополиса. Как только «ZAFT» силой забирает четыре из пяти мобильных доспехов, Кира натыкается на оставшийся — «Страйк» (Strike), после чего он вынужден пилотировать его, чтобы спасти свою жизнь и жизни друзей. Во время случившегося переполоха, Кира также встречается со своим другом детства Асуран Зала, который по иронии судьбы оказывается солдатом «ZAFT» и одним из налётчиков, орудовавших в Гелиополисе. Управляя «Страйком», Кира присоединяется к Земному альянсу на борту корабля под названием «Архангел» в надежде на то, что ему удастся защитить друзей, хотя сам он по-прежнему подавлен тем обстоятельством, что ему придётся сражаться против давнего друга и других некогда близких ему людей.