Центр Сохранения Исторических Событий следит за порядком во времени и пространстве. Юная хранительница времени Сакура Ёсино постоянно отправляется на хронозадания, ибо только члены ее клана могут свободно путешествовать по веткам мирового Древа. А задания бывают самые разные – от борьбы с жучками-времяточцами до поимки Сугинами, назойливого вора-во-времени, а в целом неплохого парня.Однажды украденную из прошлого книгу увидел Дзюнъити, друг Сакуры. И вроде бы ничего такого, но книга содержала дух фанатика эпохи Эдо, который мечтает переписать историю. Он захватывает тело мальчика, врывается в Центр и поглощает всю силу Пространственно-временного Древа. Спасёт ли Сакура Дзюнъити, а заодно и весь мир?

Прямое продолжение Da Capo II.На этот раз зрители увидят больше знакомых героев из первого сезона. Становится ясно, что все девушки искренно влюблены в Дзюнъити. Это приводит к тому, что Сакура пробуждает магическую сакуру и неосторожно загадывает желание. Жизнь героев переворачивается с ног на голову, и теперь им надо найти способ вернуть всё назад.

Остров Хацунэ некогда был известен своими вишнёвыми деревьями, цветущими независимо от времени года. Два года назад вишнёвые деревья острова утратили свою примечательную способность и стали самыми обычными деревьями, цветущими только весной. Дзюнъити Асакура — старшеклассник академии Кадзами на пороге выпуска, окружён друзьями — как новыми, так и старыми. В дождливый летний день у двери дома Дзюнъити появляется загадочная девушка по имени Аисия. Она разыскивает бабушку Сакуры, чтобы изучить магию, надеясь принести счастье людям. Когда она узнаёт, что бабушка Ёсино давным-давно умерла, она выдвигает радостное предположение (основанное на некоторой путанице в её выводах), что Дзюнъити может обучить её тому, чему она хочет научиться. Даже несмотря на то, что в конце концов она осознаёт правду, Аисия не унывает и продолжает поиски магии на острове Хацунэ. Посреди её поиска академия Кадзами нанимает новый медперсонал.

Сакура цветёт каждый год...Загадочная вишня цветёт круглый год на острове в форме полумесяца. Этот остров — Хацунэ.Главный герой Дзюнъити Асакура поступает в академию Кадзами. Он обладает силой видеть в чужих сновидениях мечты спящего. Магии юноша обучался у старухи, которая позволяла ему создавать сладости.Однажды Дзюнъити во сне опять увидел чью-то мечту — там появилась девушка, с которой он дружил в детстве. Но узнать больше ему не удалось, сестра Дзюнъити разбудила его, возвратив в реальность. На самом деле Нэму — не родная сестра ему, но их связывают узы сильнее, чем кровная связь между любыми братом и сестрой. Со стороны может даже показаться, что они влюблены друг в друга.Это был обычный день: утреннее пробуждение, дорога к академии Кадзами... Вместе с давней подругой, Михару Амакасэ, идолом академии, Котори Сиракавой, двумя сестрами Мидзукоси Моэ и Мако (которые предпочитают есть набэ прямо на школьной крыше во время ланча), Сакурой Ёсино, которая, по слухам, перевелась из Америки и проводила свой день в академии. Поэтому для Дзюнъити было сюрпризом заявление Сакуры о том, что она «пришла выполнить обещание, данное в далёком детстве».