Два года назад молодые сыщики из группы «Милки Холмс» обрели веру в себя, вернули утраченные Дары и спасли мир. В благодарность за великолепную игру их наставница, она же королева преступного мира леди Арсен, взяла тайм-аут, приказав своим людям затаиться. Таким образом, Шерри, Неро, Эри и Корди стали народными героями, но… делать им вскоре оказалось нечего. Распалась и соперничающая «четверка гениев» - ведь с оставшейся мелюзгой легко справляется обычная полиция. Вот только в мире великих детективов и благородных воров долгого затишья не бывает!Семеро неизвестных, назвавшихся «цветные призраки», заявили, что плюют на приказы Арсен и начинают тотальную войну – против сил порядка и бывших подельников, забывших «истинные понятия». Алиса и Кадзуми, юные детективы и большие поклонницы Милки Холмс, быстро поняли, что это их шанс – хотя лицензии еще нет, можно работать тайно, помогая правосудию и развивая собственные Дары. А что для этого нужно? Прежде всего – милая униформа в стиле своих кумиров, а еще название, которое запомнят люди. Вот так в бой против «призраков» вступила команда «Перья», которой пока что далеко до великих, но цыплят по осени считают. А там, может, и в «холмсы» примут потихоньку!

Уже знакомые нам по первому сезону героини Шерли, Ниро, Элли и Корделия так и не восстановили свои способности после боя с королевой преступного мира. Но девочки даже не думают переживать по этому поводу! Их уже не пугает отчисление из Академии Холмса, проживание в пыльной каморке и жизнь впроголодь. Учёбу некогда великие детективы бросают, питаются тем, что сами и выращивают, а в свободное время побираются по улицам. Сдаёт свои позиции и «Четвёрка гениев», бывшие конкурентами «Милки Холмс»: их лидер Кокоро Акэти попадает в руки мошенницы, и теперь «Четвёрке» грозят серьёзные неприятности. Президент школьного совета Анриетта в отчаянии и решается на крайние меры. Вот только сможет ли она наставить девочек на путь истинный?..

Дополнительный эпизод, рассказывающий о событиях, произошедших после аниме-сериала «Детективное агентство Милки Холмс».В центре сюжета операция по освобождению Кокоро Акэти, лидера полицейского подразделения «Г4», из рук похитителей. Как вскоре выясняется, девушка была похищена маленькой девочкой Ирэн Доалой, решившей заработать денег для своего отца и вознамерившейся сделать из Кокоро поп-идола. Теперь перед Кокоро стоит сложный выбор: следовать своей мечте полицейского или совершить этот невероятный шаг, и пойти в певицы... А вдруг никто из друзей не будет по ней скучать?..

Действие происходит в вымышленном мире, где существуют загадочные Игрушки, дающие людям сверхчеловеческие способности. Шерлок «Шерли» Шеллингфорд, Ниро Юдзурисаки, Эркюль «Элли» Бартон и Корделия Глаука — самые популярные ученицы Академии Холмса. Благодаря командной работе и силам, которые дают им их Игрушки, они раскрыли множество дел и пользуются популярностью и уважением среди жителей Йокогамы, Города Детективов.Шерли использует телекинез, Ниро способна управлять механизмами, Элли обладает огромной силой, а Корделия способна обострять свои чувства, в том числе и шестое. А вместе их называют «Милки Холмс».Но однажды, тёмной и дождливой ночью, во время битвы с королевой Призрачных Воров, леди Арсен, они теряют свои Игрушки, и их жизни резко меняются...