События второго сезона разворачиваются сразу за первым, после летних каникул в последнем семестре обучения Томоя в старшей школе.Томоя признался в любви Нагисе, и теперь у них началась совместная жизнь. Но как не бывает света без тени, так не бывает и счастья без горя. Впереди героев ждут тяжелые испытания и потрясения...

Томоя Окадзаки — бездельник, уверенный, что жизнь скучна, а сам он ни на что не годен. Он ненавидит свой город. Вместе с другом Сунохарой они постоянно прогуливают школу и делают что им заблагорассудится.Однажды, по пути в школу, у подножия холма Томоя проходит мимо девушки, что-то бормочущей самой себе под нос. Внезапно та вскрикивает «Булочка!», чем привлекает внимание Томои. Вскоре он узнаёт, что зовут её Нагиса Фурукава и что она частенько выкрикивает название чего-то вкусного в моменты, когда нервничает.Проходит время, Томоя пересекается с Нагисой в школе всё чаще и чаще, и постепенно они становятся друзьями. Томоя узнаёт, что Нагиса была вынуждена остаться на второй год из-за болезни, все её друзья уже окончили школу, а сама она мечтает о восстановлении школьного драмкружка. Заявляя, что ему всё равно больше нечем заняться, Томоя решает помочь Нагисе с её мечтой. Со временем к ним присоединяются ещё четыре девушки.Проводя с ними всё больше и больше времени и помогая девушкам решать их проблемы, Томоя узнаёт больше как о них, так и о самом себе, постепенно осознавая, что на самом деле не так уж он и плох и вовсе не безнадёжен, как привык о себе думать, а ненавистный им город становится полным воспоминаний.

Действие фильма Кланнад происходит в старшей школе, расположенной на холме в небольшом японском городке.Окадзаки Томоя является учеником третьего класса, но не принимает учёбу всерьез. Он всегда опаздывает на занятия и выглядит хулиганом в глазах своих одноклассников, которые заняты подготовкой к экзаменам. Излишне говорить, что он имеет не слишком много друзей. Самый близкий друг - такой же раздолбай Ёхэй Сунохара. Томоя, кажется, и не возражал против такого положения вещей - пока в один прекрасный день не повстречал Нагису Фурукава. Она осталась совсем одна, без друзей в этой школе, потому что все её бывшие одноклассники её уже закончили. Об этой неуклюжей девушке он не особо беспокоился. Но он не может оставить ее, и начинает помогать. В процессе он встречает еще несколько девушек из своей школы.Хотя поначалу он не слишком заботится о них, но вскоре открывает свое сердце.