В самом сердце Италии Агентство социального обеспечения спасает маленьких девочек, обречённых на неполноценную жизнь или даже смерть. С помощью новейших достижений кибернетики оно даёт им второй шанс, новую жизнь. С новыми модифицированными телами и искажённой памятью девочки должны стать убийцами, работающими на итальянское правительство. Однако в глубине души они всё же остаются детьми, борющимися за одобрение тех, кого любят. Пусть даже любовь вызывается искусственно, как часть их работы.Школа убийц — грустная история о том, как девочки пытаются преодолеть свои эмоции и душевные переживания в месте, где к ним относятся как к безжалостным убийцам.

Кумико Ямагути устраивается на работу в школу Сирокин в качестве учителя математики, но помимо этого её назначают на должность классного руководителя для класса 2-4, который известен своими хулиганами и преступниками. В первое время весь класс только и пытался вывести её из себя, постоянно над ней подшучивая и оскорбляя, но безрезультатно. Вскоре Ямагути всё же добивается доверия учеников и оказывается для них довольно близким человеком. Однако школа ещё не знает, что она наследница могущественного клана якудза — Оэдо. Кумико старается изо всех сил, чтобы преуспеть в своей карьере учителя, но свою настоящую жизнь она должна держать в тайне.

Три бездомных компаньона — девочка, сбежавшая из дома, трансвестит и алкоголик — находят в Сочельник брошенного новорождённого, копаясь в мусоре в поисках пропитания. Используя подсказки, найденные рядом с ребёнком, они блуждают по Токио в поисках родителей, сталкиваясь по пути с напоминаниями об их собственных жизнях, от которых они почти отказались.

Юкио Танака, а для друзей Коюки, с детства любил петь. Впрочем, талант его не нашёл применения, и сам он ведёт обыкновенную школьную жизнь.Однажды он спасает странного пса, на вид состоящего будто из частей разных собак, и так знакомится с его хозяином, гитаристом Рюсукэ Минами. Постепенно Коюки начинает всё больше общаться с Рюсукэ — тот талантливый музыкант и мечтает основать собственную группу.Проходит время, и Рюсукэ, собрав талантливых ребят, создаёт группу, назвав её в честь своего пса — «Бек». Сестра же Рюсукэ, красивая и энергичная девушка одного возраста с Коюки, Махо Минами, первой оценивает его талант и предлагает того на роль вокалиста.

Действие происходит в Германии, в Дюссельдорфе. Неизвестный проникает в дом семьи Либертов, убивает родителей и простреливает их сыну голову, не трогает лишь его сестру, которая забывает всё от шока. В том же городе работает гениальный японский нейрохирург Кэндзо Тэмма, сумевший спасти жизнь мальчика.Спустя много лет раненого человека привозят в госпиталь. Спасши ему жизнь, Кэндзо узнаёт, что тот причастен к продолжающимся в Германии серийным убийствам. Вскоре и Кэндзо оказывается замешан в этом деле, когда у него на глазах тот самый спасённый ребёнок, выросший теперь в юношу, хладнокровно убивает спасённого человека.Кэндзо предстоит очистить своё имя, узнать о спасённом им много лет назад ребёнке и переосмыслить саму ценность жизней, которые он спасает, работая хирургом.