Люди, считающие себя венцом творения, создают искусственную жизнь, полагая, что могут её контролировать. Но в один момент она начинает развиваться вне зависимости от их воли, оставляя людей далеко позади и отрицая возможность дальнейшего сосуществования. В этот момент рождается Мегаструктура, многоуровневый бесконечный лабиринт, в котором люди ведут постоянную борьбу за выживание. Однако в этой, казалось бы, безнадёжной ситуации, в сердцах людей ещё теплится надежда на будущее. Сетевые Терминальные Гены. Отыскавший их сможет подключиться к Сетевой сфере и остановить рост Мегаструктуры, но найдётся ли тот, кому это по силам.
Деревня народа эмиси затеряна где-то в горах средневековой Японии. Однажды на эту деревню нападает Наго, гигантский вепрь, одержимый ненавистью, превратившей его в демона.Ради спасения деревни сыну вождя Аситаке приходится убить проклятое животное, но самого его в руку ранит зверь, и вместе с раной ему передаётся проклятие. И теперь, согласно традициям племени, он должен быть изгнан, дабы в изгнании найти путь к исцелению либо погибнуть.Путешествуя во внешнем мире, Аситака становится свидетелем и невольным участником противостояния людей Железного Города под предводительством Госпожи Эбоси и зверей Древнего Леса, ведомых Духом Леса с богами Моро и Оккотононуси. Сторону леса также занимает и приёмная дочь Моро, человеческая девушка по имени Сан.Обитатели леса разгневаны поведением людей и не собираются больше сносить надругательств над их домом.Аситака же обнаруживает, что вместе с проклятием он получил нечеловеческие физическую силу и выносливость. И теперь перед ним встаёт нелёгкий выбор: на чью сторону стать? Людей? Леса? Или, может быть, ему удастся разрешить этот конфликт мирным путём без кровопролития?
Десятилетняя Тихиро Огино вместе с родителями садится в машину, чтобы добраться до нового дома, расположенного где-то в глубинке Японии. Решив срезать путь, они попадают в необычный лес, выбравшись из которого, оказываются на прогалине, откуда можно выйти лишь сквозь мощёный тоннель. Пройдя по нему, они оказываются в пустующем заброшенном городке, в котором нет ни души, зато прилавки ломятся от деликатесов. Родители Тихиро решают перекусить, а расплатиться, когда появятся хозяева. Любопытная, как все дети, Тихиро отправляется побродить и вскоре натыкается на мальчика Хаку, потребовавшего, чтобы она немедленно ушла. Уже смеркается, и город наводняют странные звуки и тени. Вернувшись к родителям, Тихиро в ужасе видит, как те полнеют на глазах и в итоге превращаются в свиней.Через некоторое время Хаку находит Тихиро и объясняет ей суть происходящего: они в волшебном мире, где людям не место, а правит здесь колдунья Юбаба, превращающая людей в животных. Исключения делаются лишь для гостей и работников. И если Тихиро хочет вернуть родителей, ей нужно прийти к колдунье и попросить дать ей работу — в этом та не имеет права отказать.
