Ближайшее будущее, Япония, 2035 год. Взрыв — масштабный инцидент, вызванный изучением искусственных организмов, который привёл к прорыву из исследовательского центра одного из них, впоследствии названного Материей, и его распространению по всему ущелью Куробэ. Из-за этого правительство запретило доступ в целый исследовательский город, ранее провозглашавшийся надеждой всего человечества.Два года спустя пятнадцатилетняя Айко Татибана, потерявшая во время Взрыва всю свою семью, узнаёт от переведённого ученика Юи Кандзаки невероятную правду о произошедшем инциденте и о секрете, скрытом в её собственном теле. Остальные части этой головоломки лежат в Первичной Точке — эпицентре Взрыва. Поэтому Айко вместе с Юей в качестве проводника и в сопровождении команды дайверов — людей в специальных органических костюмах, выполняющих миссии на поглощённой Материей территории, — отправляется в глубину запретной зоны, чтобы выяснить всю правду.

Сюжет аниме разворачивается вокруг Миши Таканаси — ученицы второго класса начальной школы. Будучи совсем маленькой, она потеряла мать и теперь живёт лишь с отцом. Из-за постоянной работы у отца Миши недостаточно времени, чтобы заниматься бытовыми делами, поэтому он нанял горничную. Её зовут Цубамэ Камой, она горничная и... бывший офицер Воздушных сил самообороны Японии! Ко всему прочему у Цубамэ есть любимое занятие — наряжать миленьких девочек в не менее милые платьица. Неудивительно, что бывшему офицеру приглянулась Миша, и теперь она всеми силами хочет сблизиться с ней!

Нариюки Юига, ученик с оценками выше среднего, был назначен репетитором для трёх гениев, каждый из которых был лучшим в своём предмете, чтобы получить стипендию и не платить за образование в будущем. Казалось бы, чему нужно обучать гениев? А всё не так просто, ведь, как оказалось, каждый гений был хорош исключительно в своём предмете, а про другие — вообще слыхом не слыхивал.Так Фумино Фурухаси — литературное дарование, которому в страшных снах снится математика; Ридзу Огата — прирождённый математик и учёный, но литература и искусство — последнее, к чему бы она была склонна; Урука Такэмото — гений в спортивной области, но настолько плоха во всех других предметах, насколько это возможно.Всем вместе им предстоит усердно учиться и стать лучшими в заброшенных предметах!