Мир был близок к полному уничтожению «Абсолютным отчаянием», который вызвал «Самое большое, самое ужасное, самое трагичное событие в истории человечества». Для того, чтобы спасти этот мир от хаоса, была сформирована группировка «Фонд Будущего». Хотя организация продолжает свою деятельность по восстановлению мира, Макото Наэги находится под подозрением в измене за защиту «Остатков отчаяния».Члены «Фонда Будущего» собрались вместе, чтобы принять решение о его наказании, но, в конечном итоге, попались в ловушку и должны принять участие в «Финальной убийственной игре» Монокумы. У участников есть странный браслет, который в определённое время выпускает усыпляющий газ. Пока все спят, предатель, находящийся среди них, убивает члена «Фонда Будущего».Чтобы выжить, они должны определить предателя и остановить убийства. Макото вынужден столкнуться с игрой смерти, где единственный выход — убить или быть убитым. История отчаяния, в которой надежда убивает надежду, начинается.

Прямое продолжение аниме Мастера Меча Онлайн: Алисизация — Война в Подмирье.Начался окончательный тест в мире «Underworld». Причиной этому стали неизвестные люди, атаковавшие секретную базу, на которой происходило тестирование системы «Алисизация». Оказалось, что это были преступники, которые хотели прибрать к рукам исходный код — Алису Цуберг. Пытаясь предотвратить уничтожение мира «Underworld», все фракции объединяются и начинают беспощадную битву. Настало время завершить цикл «Алисизация»!

Кирито просыпается в гуще огромного, фантастического леса. В попытках разузнать, как он там очутился, он встречает мальчика, который, кажется, знает его. Он должен быть обычным NPC, но его эмоции ничуть не отличаются от человеческих. Со временем к Кирито возвращаются некие воспоминания. Воспоминания из его детства, об этом мальчике и девочке с золотыми, как солнце, волосами, и именем, которое он никогда не должен забыть, — Алиса.

Прошло три года после возвращения «Ямато» с планеты Искандер. Земляне вернули свою планету с Космореверс и подписали мирный договор с Гамилусом. В дополнение был разработан новый оборонный флот, который включает в себя передовой броненосец «Андромеда». Несмотря на просьбы Старши, Земля идёт по пути военной экспансии. «Ямато» помогает достичь «мира», но его цена забирает слишком много жизней. Тем временем богиня Тереза, которая молится за спокойствие в космосе, призывает «Ямато» к новому плаванию. Угроза со стороны Гатлантиса охватывает всю вселенную и приближается к Земле.