Адаптация браузерной карточной игры «Kantai Collection».Действия сериала происходят в альтернативной вселенной и разворачиваются вокруг нескольких девочек. Их зовут Фубуки, Юдати и Муцуки, и они являются персонифицированными военными кораблями времён Второй мировой войны. Однажды на землю из глубин морей и океанов вторгаются неизвестные враги, прозвавшие себя «Флотом глубокого моря». Бо́льшая часть водных территорий уже и так принадлежит им, но они заявляют о своём намерении захватить и сушу.На базу Тиндзюфу, где девочки-корабли активно тренируются противостоять незваному врагу, прибывает Фубуки — эсминец типа «Фубуки». С этого момента начинаются её приключения и противостояние с врагом, плечом к плечу с друзьями.

Сюжет истории разворачивается после окончания турнира «Священный Путь», что проходил в предыдущей части аниме.Тэнма возвращается в среднюю школу Раймон, но это уже не та школа, что он знал, а все участники команды больше не играют в футбол. Когда же Тэнма встречает Альфу, капитана команды «Протокол Омега», он понимает, что находится в параллельном мире, где Альфа — участник секретного проекта по уничтожению футбола в будущем.Чтобы помочь Тэнме в его приключениях, фургончик команды из предыдущей части был изменен в летающую машину времени.