Пикачу находит Клефки, покемона-кольцо с ключами. Используя ключи Клефки, можно путешествовать по разным мирам. В этот раз Клефки приглашает весёлую компанию Пикачу к себе в гости — в мир Клефки. Но злодеи не дремлют: коварный Мяут вместе со своими сообщниками пробивается через портал вслед за Клефки и его новыми друзьями. О приключениях в мире Клефки и повествует этот фильм.

В ходе своих странствий Сатоши, Айрис и Дент прибывают в Нью-Торк-сити. В это время пробудившиеся от многолетнего сна древние покемоны Генесекты, потерявшие ориентацию во времени, решают обосноваться в городе и сделать его их колонией. Нашим героям предстоит не только разобраться с причиной внезапного пробуждения Генесектов, но и найти способ как спровадить незваных гостей.

История рассказывает о 29-летнем программисте Ичиро Сузуки. Его жизнь меняется, когда он попадает в онлайн-игру, где становится 15-летним подростком по имени Сато. Поначалу молодой человек думает, что это сон, но на деле — нет. Кроме того, как выясняется, силой его персонаж не обделён. Во время нападения врагов Сато использует особую трёхразовую силу («метеоритный дождь»), которая стирает с лица земли армию ящеров, и при этом его уровень резко вырастает. Сила силой, но наш герой планирует спокойно жить, встречать новых друзей, скрывая свой уровень. Так или иначе, развитие игры, в частности возвращение Короля Демонов, встаёт у Сато на пути.

Пробудившийся ото сна легендарный ледяной покемон Кюрэм готовится обрушить на Юнову свою ужасающую мощь. Одолев в сражении отряд покемонов «Мечников справедливости», он даёт возможность сбежать одному из них — Кельдео. Скитаясь в поисках укрытия от грядущего бедствия, Кельдео натыкается на надёжных тренеров: Сатоши, Дента и Айрис. Это даёт Кельдео так необходимый ему шанс на реванш с ледяным монстром. И даже, возможно, победу на ним.

В далёком технологическом будущем цивилизация достигла своей конечной формы, основанной на сети. «Инфекция», в прошлом заставившая автоматизированные системы выйти из строя, в результате привела к самокопированию во все направления многоуровневой городской структуры. Теперь человечество потеряло доступ к системе контроля города, и до самой смерти людей преследует система охраны под названием «Защитник».В крохотном уголке города небольшая группа, известная как «Электрорыбаки», сталкивается со своим возможным концом, зажатая между системой охраны и подходящими к концу запасам продовольствия.Девочка по имени Дзуру отправляется в путешествие, чтобы найти еду для своей деревни, но подписывает себе смертный приговор, когда наблюдательная башня замечает её и вызывает отряд защиты, чтобы устранить угрозу. Когда все её сопровождавшие оказываются мертвы, а все пути спасения — заблокированы, единственное, что может спасти сейчас Дзуру — это внезапное прибытие Килли, который случайно встретил девушку, выполняя своё задание по поиску ключа для восстановления порядка в мире.