В 101 год по календарю Галактической Федерации таинственные пришельцы, известные как «НВ» или «Неизвестные Враги», атакуют и разрушают колонию Ован. Все жители погибают, кроме мальчика Флита Асуно.Мальчик вырос и стал юным техническим гением. В 14 лет, на военной базе Федерации рядом с колонией Нора, он с помощью своих друзей сумел восстановить легендарное оружие древних — Гандам, и стал его пилотом. В день атаки на Ован Флит потерял мать, но та перед смертью дала ему странную фамильную реликвию. С помощью этой реликвии парень смог ввести Гандаму новую функцию — самосовершенствование. Пока Неизвестные Враги на время затаились, но рано или поздно они снова нападут на колонии Федерации, и тогда Гандам покажет им свою обновленную силу!

Год 0123 Вселенского Века. История разворачивается на Стороне Фронтиер 4, где космический колонист Сиабук Арно и его подруга Сесилия Фаирчилд пытаются противостоять армии «Авангарда скрещенных костей» во главе с Мейзером Ронаком, желающим воплотить мечту семьи о «Космо-аристократии». Сиабук вынужден пилотировать прототип Мобильного доспеха Гандам, чтобы защитить тех, кто ему дорог.

Лейтенант Оливер Мэй и подразделение технического отдела 603 на борту «Йотунхейма» продолжают испытания и оценку экспериментального оружия, чтобы помочь силам Зиона в войне против Сил Федерации. В конце каждого эксперимента нам рассказывают об испытаниях и несчастьях, с которыми столкнулся лётчик-испытатель оружия. Эпизоды добавляют небольшую главу к длинной истории Одногодичной войны.

Последние годы Бакумацу, называемые также «Концом Сёгуната». Наемный мечник Ёдзиро Акидзуки путешествует по всей Японии в поисках предметов, обладающих сверхъестественными свойствами. Подобные поиски нередко приводят к кровопролитию. В ходе очередных поисков его путь пересекается с театральной группой, которая преследует владельца необходимого Акидзуки предмета. Случайность или пока еще не известный умысел свел их вместе?