Второй сезон начинается с событий, последовавших за 25 эпизодом первого сезона, и предполагается, что он следует манге более точно.Хаятэ по-прежнему работает в качестве боевого дворецкого. Хинагику и Аюму появляются гораздо чаще по мере того, как сюжетная линия, затрагивающая их с Хаятэ взаимоотношения, получает своё развитие. Наги также заинтересована в том, чтобы дать развитие своим взаимоотношениям с Хаятэ, так как её собственное видение этих взаимоотношений по-прежнему базируется на недопонимании, случившемся в их первую встречу.

В 2015 году на Землю вновь нападают Ангелы, загадочные существа, отличающиеся гигантскими размерами и сокрушительной силой. Единственной надеждой для спасения человечества являются Евангелионы (сокращённо — Евы), человекоподобные боевые машины, разработанные Nerv, специальным отделом Организации Объединённых Наций. Евы в состоянии отражать нападения Ангелов, однако есть одна особенность — пилотировать роботов может ограниченное число людей. Только горстка подростков, рождённых четырнадцать лет назад, через девять месяцев после первого появления Ангелов, может управлять Евами. Один из них — Синдзи Икари, отец которого является руководителем Nerv. Втянутый в водоворот битв и событий, которых он не понимает, Синдзи вынужден проникнуть в глубины собственного внутреннего мира, чтобы найти силы и храбрость не только для сражений, но и для выживания, иначе он рискует потерять всё.