Некогда ниндзя были слугами богатых и знатных властителей, обученные шпионить, доносить, убивать, выполнять любой приказ. Хотя времена изменились, потребность в ниндзя не исчезла. Именно поэтому была создана особая частная школа — Государственная академия Ханзо, где существует специальный класс для обучения всем премудростям нелёгкой жизни современных ниндзя. Правда, в этом классе учатся одни лишь девушки: простодушная Аска, извращённая Кацураги, неуклюжая милашка Хибари, серьёзная Икаруга и, самая младшая из них, гений-ниндзя Ягю. Каждая может похвастаться своей уникальной, секретной техникой боя, которые они постоянно совершенствуют во время тренировок в школе и вне неё.Эти девушки и станут главными героинями сериала, который расскажет нам о любви и грёзах пяти нео-ниндзя, посвятивших свою юность борьбе со злом.

Будущее или прошлое — этот мир фантазии скрывается в тени города демонов. В этом месте начали происходить события, кои наука не может объяснить. Для решения этой проблемы собирается отряд, обладающий особыми способностями. Котоно Хаяма — сирота, живущая в монастыре. Нацуки Сирафудзи — одноклассница Котоно и поп-идол. Мисаки Хидзири — таинственная девочка, которая борется с кошмарами своей предыдущей жизни.Есть те, кто желает наступления Судного Дня, и те, кто хочет спасти этот мир. Что есть справедливость и что есть зло? Однажды Котоно встречает потерявшего память мальчика, и история начинает закручиваться. Решая загадки, три девушки будут противостоять судьбе, и исход этой борьбы определит существование человечества.

За двадцать лет до начала истории астероид Танатос, направлявшийся на Землю, разрушает Плутон. Столкновение с Плутоном приостановило астероид, но угроза всё ещё актуальна. Чтобы избежать разрушения Земли, организация МАИСС (Международное агентство изучения солнечной системы) работает над проектом «Д» и после нахождения яйца дракона в глубинах океана создаёт «Драгонавт». Основная цель этого оружия состоит в том, чтобы разрушить Танатос. Однако и пилоты, и учёные скоро узнают, что астероид далеко не единственная угроза — Землю начинают наполнять неизвестные существа.В это нелёгкое время юный Дзин Камисина становится свидетелем убийства, совершённого одним из этих существ. В момент, когда он сам оказывается на краю гибели, его спасает таинственная девушка по имени Тоа.

Юный волшебник Нэги Спрингфилд еще молод и неопытен, но у него наполеоновские планы. А по-другому и быть не могло, ведь его родители – очень известные личности в мире магии. Чтобы не посрамить честь своих предков, стать великим волшебником и изменить этот мир к лучшему, парень вынужден был учиться как проклятый. В итоге он успешно заканчивает Академию Магии и продолжает свое обучение в качестве инструктора в Японской школе Махора.На этом его безмятежная зубрежка подходит к концу. Впереди его ждет самый сложный экзамен – испытание на силу воли! Ну как можно сосредоточиться на учебной программе, когда каждая из твоих учениц – красивая девушка, которая явно оказывает тебе знаки внимания? Ко всему прочему на школу нападает целое полчище вурдалаков и упырей. Но бояться нечего, ведь девочки готовы сражаться с кем угодно, лишь бы только любимый сенсей обратил на них внимание. Так что смотри в оба, Нэги Спрингфилд, и ненароком не влюбись!

Нелёгкая жизнь Канако Миямаэ всё так же продолжается в женской школе «Небесные королевы», а причиной тому один гадкий типчик, который выдаёт себя за девушку (правда об этом никто не знает). По сравнению с прошлым годом Канако стала более уверенной в себе и теперь постарается дать отпор всем тем, кто встанет на её пути. Тут же возникает и загадочная легенда о чудесной магнолии, из-за которой главную героиню ждут новые испытания. Но не страшно, ведь рядом такие милые и привлекательные подруги!

Как же сложно найти себе идеальную девушку, особенно если ты девушка сама, а парней ненавидишь: они грязные, мерзкие, и от них тут же сыпь по всему телу проступает...Канако Миямаэ переводится в женскую академию «Небесные королевы» в надежде встретить там любовь своей мечты. В первый же день, заблудившись по дороге в академию, она встречает Марию Сидо, обворожительную младшеклассницу с изящными манерами и прелестным голосом. Познакомившись и пообщавшись немного, они расходятся, а на прощание Мария целует Канако. О-о, очень неплохо, именно такие девушки Канако и нравятся!В общежитии Канако поселяют в одной комнате с местной звездой Рюкэн Исимой, высокой, стройной, всегда ко всем доброй и успешной во всём, чем занимается; в академии есть даже её фан-клуб. Ещё лучше!Однако мечты Канако рушатся, когда, зайдя в раздевалку стрелкового клуба, она застаёт там Марию, оказавшуюся... не совсем девушкой. Для проверки Канако делает кое-что очень неприличное и с ужасом понимает, что она не ошиблась — это парень! И не из робкого десятка — шантажом получив от неё клятву молчать, Мария отпускает Канако.Та в шоке бредёт в свою комнату в общежитие, надеясь хоть там-то выплакаться и рассказать всё своей соседке Рюкэн. Однако Мария времени даром не теряет, и, вернувшись в свою комнату, Канако обнаруживает, что Рюкэн переселили, а у неё новая соседка — кошмар всей её жизни, Мария.

Умио — застенчивый парень, который недавно устроился на полставки в магазин комиксов «Лошадиная кость». Однако расположившееся в самом центре города новое место работы, окружённое неоновым светом вывесок разнообразных гламурных заведений, поначалу казалось непривычным для тихого интроверта, чей список друзей с некоторых пор стал ограничен строго коллегами по работе. И вроде люди-то они неплохие, но, мягко говоря, все с причудами. Да не просто с причудами, а с Причудами с большой буквы! Впрочем, Умио запросто влился в коллектив. И вот он уже часть этой странной группы друзей, где у каждого имеется прозвище и в которой принято по выходным собираться у кого-нибудь дома, лишь бы не выходить лишний раз наружу, где может таиться много неожиданностей.

Сериал является ремейком оригинальной OVA. В аниме показывается повседневная жизнь современных учеников японской начальной школы: их игры, интересы, глупые шутки и недоразумения, связанные со противоположным полом. Все герои учатся в классе 5 «Б».Рёта Сато является главным героем, однако в сериале ему уделяется не намного больше внимания, чем другим персонажам. Чаще всего на экране появляются девочки, которые хоть и кажутся слишком взрослыми для своих лет, но если приглядеться, то оказываются ещё более несерьёзными и «опасными», чем их одноклассники-мальчики.

В одном из японских городов находится кафе "Ковчег". Там вас встретит дружный коллектив - весёлая хозяйка Араси с ворохом безумных идей в голове, её помощник Хадзимэ Ясака и ещё несколько странных официантов. Заведение открыто всегда и принимает любых гостей, и скучно там никогда не бывает!В этом сезоне героев ожидают новые интересные знакомства, поездка на пляж и горячие источники, мистика и временные парадоксы. Некоторые повзрослеют, некоторые останутся такими же сорвиголовами, некоторые решат свои мелкие и не очень проблемы. Но главное, что летняя буря продолжится и друзья будут снова отрываться на полную катушку!

Эти дополнительные серии охватывают события, произошедшие в 184-188 главах оригинальной манги. В отличие от первого и второго сезона сериала, история и характер персонажей не были как-то существенно изменены.