Аида Мана — девушка, которая всегда стремится сделать что-то ради других. Однажды, когда она посещала «Башню Клевера» по программе её школы, внезапно появился враг, который назвал себя Эгоист, и попытался манипулировать её собственным сердцем! Для борьбы с этим врагом, она обратилась к волшебной фее Шаруру с просьбой превратить её в Pretty Cure! Для защиты мира во всем мире.Вскоре другие легендарные Pretty Cure вступили в бой вместе с ней!

Где-то в пространстве существует Сказочная Страна — царство добрых сказочных персонажей. Если есть королевство добрых персонажей, то где же злые? А они собрались в своё государство, Землю Плохого Конца! Когда-то правитель той Земли Пьеро вторгся в Сказочную страну и попытался её завоевать. Но Королева Розалия сумела погрузить Пьеро в вечный сон, к сожалению, пожертвовав собой.Но война на этом не кончилась. Злые прихвостни Пьеро жаждут разбудить его. Для этого им надо много-много энергии плохих эмоций, а где же её взять, как не на многострадальной Земле? И вот десант Земли Плохого Конца высаживается на планете, чтобы сеять в сердцах людей злые чувства.Но Сказочная страна подготовила им на Земле достойную встречу! Как? Посланцы страны отыскали девушек-защитниц, которые исцелят людские души и разрушат планы врага! Кто же эти неизвестные герои человеческого рода? Лидер и заводила команды Миюки, влюбчивая и весёлая Аканэ, которая любого может рассмешить, и милая и стеснительная Яёй. Это — основная тройка бойцов, но в пути их ждёт ещё множество помощников. Вместе девочкам предстоит разобраться с посланцами Земли Плохого Конца, собрать великий артефакт и исцелить множество людей от плохих эмоций!

Канон — город, наполненный музыкой. Хибики Ходжо и Канадэ Минамино выросли в этом городе и знают друг друга с детства. Но они больше не вместе. Однажды фея Хамми из Земли Музыки, Большой Земли, появляется перед ними. Злой король Мефисто Малой Земли планирует превратить легендарную Мелодию Счастья в Мелодию Несчастья. Чтобы этого не произошло, Хибики и Канадэ превращаются в Милое Лекарство. Они должны научиться работать вместе, чтобы собрать рассеянные ноты Мелодии Счастья и воссоздать партитуру!

Лав Момозоно, четырнадцатилетняя ученица школы Йоцуба, больше заботится о других, чем о себе. Однажды, на концерте известного танцевального коллектива «Троица», она тоже решает стать танцовщицей. Во время концерта слуги королевства Лабиринт нападают на артистов и зрителей с целью собрать их несчастья, а Лав получает силу легендарного воина для борьбы с ними. Вскоре к ней присоединяются её подруги, Мики и Инори.

Сакура Куруми, мать Эрики, готовится к показу мод в Париже. Члены школьного клуба мод участвуют в качестве моделей, и в том числе ученицы старшей школы. Находясь в Париже, они встречают таинственного мальчика по имени Оливье. Вскоре появляется Барон Саламандр Пустыни Апостолов, и девушки вынуждены превращаться и защищать Париж.

Восьмиклассница Цубоми Ханасаки только что переехала со своей семьёй в город Кибогахана и живёт с бабушкой. Она очень застенчива и замкнута, но полна решимости начать новую жизнь в школе Мёдо и набраться уверенности в себе. В последнее время ей снится один и тот же таинственный сон: поражение Лекарств Лунного Света в Великом Дереве Сердца. Она не знает, что всё это значит. Неожиданно она встречает двух фей из сна, и, прежде чем девочка что-то понимает, превращается в легендарное хорошенькое лекарство, Лекарство Цветения! Позже к ней присоединяется её одноклассница и новая подруга, высокая и энергичная Эрика Куруми. Две девушки клянутся защитить все цветы сердца от злых ​​банд, посланников Пустыни!