Прошло восемьдесят лет со времён войны между людьми и Зентради. Теперь две расы мирно сосуществуют друг с другом, оставив разногласия в далёком прошлом и установив новое общество, свободное от войн. Но всё меняется, когда из космоса неожиданно прилетают таинственные инопланетные корабли и вновь атакуют Землю.Молодой репортёр телестудии SNN Хибики Кандзаки отправляется на поле боя, горя желанием снять рейтинговый репортаж о битве людей с новым врагом. Ему удаётся пробраться на корабль инопланетян, где Хибики с удивлением обнаруживает Иштар — таинственную девушку, способную подчинять Зентради силой своего пения.

Основой сюжета «Ями Шибаи» является японский фольклор, а именно — страшные истории, слухи и городские легенды. Более того, происходящее технически имитирует «камишибай» — традиционную технику рассказа историй с бумажными фигурками.