Действие происходит в 1905 году. Вергил Штраус — молодой воришка, живущий в небольшом государстве, называющемся Яблочная Страна. Вместе с местным инспектором Флайшером он спасает девочку от группы иностранных бандитов. Девочку зовут Фрида, и по какой-то неведомой причине в ней заинтересованы многие соседние государства.

История разворачивается в токийской старшей школе «бутэев» — особой школе, где юные наёмники и детективы, называемые «бутэями», совершенствуют свои навыки владения оружием и оттачивают детективное мастерство. Киндзи Тояма — студент-второклассник, обладающий «особыми способностями», держит их в секрете, чтобы сохранить свою обычную, мирную жизнь, наконец-то решает покинуть академию и перевестись в обычную школу. Однако именно в этот день на пути к школе он попадает в ловушку, расставленную для него «убийцей бутэев», таинственным преступником, охотящимся на студентов академии. К счастью для Киндзи, буквально с неба на него сваливается Ария Кандзаки, бутэй ранга «S» и одна из сильнейших учениц академии...

Каору Ханабиши - студент колледжа, живущий отдельно от родителей. Однажды он встречает красивую, но растерянную девушку, одетую в кимоно, на железнодорожной станции. Каору вызвался проводить ее до места, которое она искала, и был рад узнать, что она поселится неподалеку от него. Однако, этим местом оказался пустырь. Озадаченный Каору пригласил расстроенную девушку пока к себе домой, попросил ее рассказать подробнее о том месте. Она показывает ему старое фото, на котором он узнает себя и подругу детства, Аой Сакурабу. Таинственная девушка оказывается давней подругой, которая проделала большой путь, чтобы встретить Каору, потому что... Она - его невеста и приехала выйти замуж за парня. Это открытие не сколько удивило, сколько напомнило Каору о причине, заставившей его уйти из семьи...

Прошло два года после встречи Аой и Каору. Каору устроился на аспирантуру в школу и продолжает жить вместе с Аой. Они оба уже освободились от оков своих семей и продолжают жить обычной жизнью вместе со своими друзьями.