Действие разворачивается в 0097 году Вселенского Века, спустя год после событий OVA «Мобильный воин Гандам: Единорог».Несмотря на открытие «Ящика Лапласа» и признание прав ньютайпов, мир не претерпел значительных изменений. Конфликт, названный «Инцидентом Лапласа», закончился распадом группировки остатков Нео-Зиона, известных как «The Sleeves». В последней битве два мобильных доспеха продемонстрировали силу, недоступную человеческому пониманию. Белый Единорог и Чёрный Лев были запечатаны, и теперь, казалось бы, полностью забыты. Но внезапно появляется считавшийся утерянным два года назад третий мобильный доспех серии «Единорог» — золотой «Фенекс»...

Прошло три года после возвращения «Ямато» с планеты Искандер. Земляне вернули свою планету с Космореверс и подписали мирный договор с Гамилусом. В дополнение был разработан новый оборонный флот, который включает в себя передовой броненосец «Андромеда». Несмотря на просьбы Старши, Земля идёт по пути военной экспансии. «Ямато» помогает достичь «мира», но его цена забирает слишком много жизней. Тем временем богиня Тереза, которая молится за спокойствие в космосе, призывает «Ямато» к новому плаванию. Угроза со стороны Гатлантиса охватывает всю вселенную и приближается к Земле.