История начинается с того, как мальчик по имени Такуя получает на свой телефон загадочное сообщение. Прочитав его, паренёк отправляется на станцию, указанную в тексте. Прибыв на место, Такуя попадает в очень странное место, где полным-полно детей и поездов. Сев на один из них, мальчик, вместе с ещё четырьмя людьми, отправляется в Цифровой мир, который им предстоит спасти. По пути они должны будут найти духов, при помощи которых друзья смогут превращаться в легендарных дигимонов.Однако враги уже знают о том, что они прибыли и самый главный из них — Керубимон — готов пойти на всё, лишь бы не позволить им найти духов.

Прошло три года с тех пор, как «избранные» спасли цифровой мир от зла. Дети повзрослели, а то, что когда-то происходило, забылось. Теперь новому поколению «избранных» предстоит снова стать героями, ведь в мире дигимонов объявился новый враг — Император Дигимонов, который не только унижает дигимонов, но и использует их в своих тёмных умыслах.Для выполнения этой цели были выбраны три новых ребёнка — Дайсукэ Мотомия, Иори Хида и Мияко Иноуэ. Получив свои дигивайсы и собственных дигимонов, ребята отправляются в новое приключение.

Киёмаро Такаминэ, депрессивному и ни о чем не заботящемуся парню, неожиданно дали маленького демона по имени Гаш Белл, чтобы тот заботился о нём. Гаш впутан в напряжённую битву по выяснению правителя демонского мира: каждый демон должен выбрать себе хозяина на Земле и сражаться с другими демонами, пока в живых не останется только один. Не трудно догадаться, что Киёмаро становится хозяином Гаша, и теперь парню предстоит пройти через множество битв и понять истинную ценность дружбы и преданности.

Такато Мацуда, обычный школьник, в свободное время любит поиграть с друзьями в карточную игру про дигимонов. Играют в неё не только при помощи карт, но и специального устройства, которое после загрузки карты повышает определённые характеристики дигимона.После очередной партии Такато обнаружил у себя в наборе новую, синюю карту. Активировав её, он получил дигивайс, а вместе с ним — дигимона по имени Гилмон. Вскоре, герои знакомятся с ещё двумя обладателями дигивайсов — Цзянь Лян Ли и Руки Макино, у каждого из которых свой взгляд на то, кто такие дигимоны.Вместе им предстоит защитить реальный и цифровой миры от жаждущих захватить Землю дигимонов.

История рассказывает о том, как группа из семи детей странным образом попадает в цифровой мир, где обитают удивительные существа - дигимоны. Очутившись на неведомом острове, дети подружились с чудными существами и вскоре узнали, что они избранные. В их задачу входит спасти Цифровой мир, а также и саму Землю, от злых существ, которые хотят их уничтожить. Вместе со своими дигимонами ребята путешествуют по Цифровому миру, истребляя зло и ища путь домой.