Лето первого года обучения в старшей школе. Ходака Морисима сбегает из родного дома на изолированном острове, чтобы дальше жить в Токио. Однако жизнь в крупном городе превращается в настоящее выживание: парень испытывает трудности с поиском работы и зарабатыванием денег. Некоторое время Ходака живёт один, пока не находит работу репортёра в сомнительном журнальчике по оккультизму, а за окном, будто назло, целыми днями льют дожди.В одном из закоулков шумного и многолюдного города Ходака знакомится с Хиной Амано, которая из-за семейных обстоятельств живёт вместе с младшим братом. У Хины есть необычная сила: она может остановить дождь и очистить небо от облаков, всего лишь помолившись.

Однажды по дороге в школу старшеклассница Судзумэ Ивато встретила красивого незнакомца, который спросил её о находящихся поблизости заброшенных местах. Ответив, заинтригованная Судзумэ решила последовать за парнем, но потеряла его из виду. Зато наткнулась на странную дверь, одиноко стоящую посреди полуразрушенного здания. Оказалось, это проход в иную реальность, где время будто замерло и холмистые зелёные луга бесконечно обдуваются весенними ветрами на фоне вечернего звёздного неба.Полюбовавшись красотами, Судзумэ всё же дошла до школы, а позже заметила столб дыма, поднимающийся в том месте, где была дверь. Встревоженная девушка вновь вернулась туда и увидела, что дверь открыта, а через неё пробивается вихрь необъяснимой природы. Вместе с юношей, которого видела утром, Судзумэ смолгла замкнуть проход и предотвратить бедствие, но оказалось, что это только начало проблем.

Уже несколько десятилетий Японию терроризируют громадные монстры, которые получили название кайдзю. Они появляются из ниоткуда и не только пожирают людей, но и разрушают целые города. Однако за прошедшие годы наука и техника продвинулись далеко вперёд. Для защиты граждан были созданы элитные войска, которые денно и нощно рискуют своими жизнями ради спасения людей. Благодаря этому противостоять угрозе удаётся довольно успешно. Свой вклад в поддержание мирных будней вносят и специальные клининговые отряды, очищающие улицы от туш убитых монстров.32-летний профессиональный уборщик Кафка Хибино, когда-то мечтавший вступить в ряды защитников, после нескольких провалов на отборе опустил руки и убедил себя, что его всё устраивает. Кто-то ведь должен и чистоту наводить, верно? «Неверно», — возражает Кафке новенький стажёр Рено Итикава и сообщает коллеге, что возраст для вступления в боевой отряд недавно повысили до 33-х лет. Получается, у Кафки есть один-единственный распоследний шанс стать защитником людей. Шанс-то есть, а вот ни силёнок, ни здоровья в наличии уже нет. Но главное — найти в себе решимость!«Нашёл!» — сообщил Кафке мелкий летающий кайдзю и залез к нему в рот. Нетренированный Кафка превратился в могучего человекоподобного кайдзю. На которого тотчас начал охоту защитный отряд. Кафка оказался перед дилеммой: с одной стороны, хочет спастись, сбежав от отряда, с другой — хочет стать его частью.