1273 год нашей эры в Иерусалиме. Святая земля превратилась в огромную пустыню, люди были изгнаны из своих домов, и три крупные державы ведут войну друг с другом на этой пустоши. Рыцари Круглого стола собираются вместе, чтобы защитить Святой город и своего Короля Льва.Призвав всё своё королевство в чужую страну, Райдер замышляет заговор против тирании этого странного царства. А горцы, защитники тех, кто был лишен своей земли, ждут шанса на восстание.Чтобы выполнить миссию, Бедивер направляется в Священный город, где правит Король Лев. Там он встречает последнего Мастера человечества, Рицуку Фудзимару, который прибыл в Иерусалим в сопровождении с Мэш Кириелайт, чтобы восстановить человеческую историю. Бедивер присоединяется к Фудзимару и его товарищам, чтобы выполнить это задание.

События происходят в мире, параллельном миру «Ночи схватки», в котором Великий Грааль загадочным образом исчез из Фуюки после Третьей Войны Святого Грааля. Спустя много лет клан магов Иггдмилленния открыто заявляет о своём выходе из Ассоциации Магов и о том, что именно в их руках находится Грааль.Тем временем в городе Трифас две противоборствующие стороны сталкиваются в битве за право владеть священной реликвией. Чёрная фракция, члены которой являются магами семьи Иггдмилления, и Красная фракция — наёмники, отправленные Ассоциацией для того, чтобы вернуть Грааль. С каждой стороны выступают семь слуг и семь мастеров. Сам Грааль призывает слугу класса Рулер в качестве наблюдателя конфликта. Это знаменует начало Великой Войны Святого Грааля.

Иерусалим, 1273 год. Странствующий рыцарь Круглого стола Бедивер достиг Святого города, где его встретила пустыня и толпа обездоленных. Здесь в войне за территорию сошлись три силы: рыцари Круглого стола под началом Короля Льва, Царь Царей Озимандий и повстанцы, живущие в горах. Бедивер столкнулся с Рицукой, который вместе со своим слугой Мэш Кириелайт пытается восстановить человеческую историю.Чтобы остановить воинственного Льва и бессмысленное кровопролитие, Бедивер и его союзники обращаются к повстанцам, а потом и к Озимандию.