Героиня просыпается прекрасным утром 1 августа и вдруг понимает, что абсолютно ничего не помнит. В этот же миг перед ней из ниоткуда появляется парень, который представляется весьма просто: «Орион, дух». Вместе с ним девушке предстоит пройти долгий путь, дабы вернуть свои воспоминания. Помимо этого ее ждет встреча с «бойфрендом», лицо которого ей совершенно незнакомо.

В будущем технологический прогресс достигает необычайно высокого уровня. Мир поделился на реальный и виртуальный. Контролирует и развивает виртуальный мир — организация «Сеть».Талантливый программист Тору Сома — член хакерской организации «Степные волки». На своём последнем задании хакеры атакуют базу данных Организация Объединённых Наций. В период нападения Тору теряет своего друга и руководителя хакерской группы. А его самого помещают под арест. В обмен на свободу Тору должен работать в антихакерском отделе ООН. Работая там, парень одновременно ищет человека, который убил его друга.Борьба против компьютерного терроризма продолжается каждый день. Сможет ли бывший хакер, переквалифицировавшийся в защитника сети, помешать коварным планам террористов?

Прошлое Маику Камисиро всегда было загадкой для него. Единственной зацепкой к тому, кто может быть его семьёй, является старая фотография, изображающая двух детей — мальчика и девочку, играющих в маленьком озере около небольшого голубого дома. В попытке найти свою семью он переезжает жить в этот дом и устраивается на работу программистом. Какое-то время он живёт уютной жизнью, пока однажды к нему не приходят две совершенно разные девушки, обе обладающие такими же фотографиями, и обе утверждающие, что именно она — его сестра-близнец. Не имея возможности определить, кто же его настоящая сестра, а кто — нет, Маику разрешает им обоим остаться у него, пока они не выяснят наверняка.

Мир стоит на пороге войны между наукой и магией. В качестве сторон конфликта выступают: Академия-Сити (Япония), Англиканская церковь (Великобритания) против Римско-Католической церкви во главе с «Троном справа от Бога» (Италия, Франция) и Русской Православной Церкви (Россия).Карисса, она же вторая принцесса Британии, считает, что помощь Академии-Сити в войне не принесёт никаких преимуществ её стране. Поэтому решает совершить переворот, пользуясь поддержкой верных ей рыцарей. Для того чтобы заполучить силу, необходимую для переворота, ей потребовался артефакт — Оригинальная Куртана, дающий его обладателю, а также подчинённым силу архангела Михаила, притом только в пределах территории Британии.

Жизнь Когараши с раннего детства была сопряжена со сверхъестественным. Будучи ещё ребёнком, он стал настоящей мишенью для призраков, и в него то и дело вселялись неупокоенные души. Особенность юноши доставила ему не мало неприятностей, прежде чем в итоге начала приносить хоть какую-то выгоду, а пережитые из-за неё беды превратились для него в огромные долги.Теперь, несмотря на безнадёжную бедность и отсутствие постоянного места жительства, Когараши решает осуществить попытку насладиться обычной школьной жизнью. А для этого ему просто необходимо осесть в каком-нибудь определённом месте и найти дешёвое жильё. Наткнувшись на бывшую некогда популярной гостиницу с горячими источниками под названием Юраги, которую, по слухам, терроризирует призрак погибшего в ней старшеклассника, герой решил, будто сдюжит такое недоброжелательное соседство, соблазнившись её дешевизной.Однако Когараши не мог себе и представить, что остальные его сожители, впрочем, как и сама навязчивая бестелесная особь, окажутся сексапильными девушками со своими паранормальными секретами. И время, которое ему суждено пережить в этом пансионе, никак нельзя будет назвать обычным, даже с натяжкой!

Дополнительный эпизод об Индекс, идущий в комплекте с Blu-Ray диском полнометражного анимационного фильма «Индекс волшебства: Чудо Эндимиона».

Кэй Кусанаги всего лишь старшеклассник, который живет с дядей и тетей. Но однажды он увидел, как приземлился корабль инопланетян... Вернее, инопланетянки. И вроде бы все это сон, мальчик часто падает в обмороки, но эта инопланетянка — его новая учительница!Как же учительнице сохранить свой секрет? Надо женить на себе мальчика, чтобы тот ненароком не проболтался. Вот тут-то и начинаются романтические проблемы бедного/счастливого Кэя...

Дополнительный эпизод, рассказывающий о поездке на горячие источники. Хронологически действия происходят примерно в середине сериала.

У Кэя и Мидзухо небольшие брачные проблемы, и семья нашей любимой учительницы решает: «Самое время посетить молодожёнов!»

Три короткие истории, не влияющие на основной сюжет сериала. Хронологически первые две находятся между событиями первого и второго сезона, а третья до начала всей истории: встречи Шаны и Юджи.В первых двух мы узнаём, что даже с самым безобидным хогу нужно быть аккуратным и осторожным, ведь он может породить собой ту ещё сумятицу и переполох. Как раз и прочувствуют на себе Шана с Юджи. Также увидим: насколько трудно утаить от Вильгельмины секрет и почему для сохранения покрова тайны необходимо приложить просто прорву усилий и человеческих ресурсов. Ну а напоследок нам покажут почти детективную историю, произошедшую с Шаной в соседнем с Мисаки городке, буквально за несколько дней до судьбоносной встречи с Юджи, в которой ей придётся распутывать клубок человеческих чувств и взаимоотношений (а в этой области, как известно, она не большая дока), чтобы добраться, пускай и не до самого сильного, но достаточно вёрткого томогара.

События сериала разворачиваются в Академия-Сити, технологически продвинутом городе, расположенном на западе от Токио, где изучают усовершенствованных наукой людей, называемых эсперами. Нашлось в этом мире место и магии.Тома Камидзё — ученик Академия-Сити, обладающий необычной правой рукой, имеющей силу под названием «разрушитель воображения». Любая магия или способность эсперов, к которой Тома прикасается своей рукой, тут же рассеивается, в том числе и его собственная удача...В один прекрасный день на перилах своего балкона Тома находит висящую девушку в монашеских одеждах. Она монахиня из Несессариуса, секретного магического отделения Церкви Англии. Зовут её Индекс, и в её разум были помещены 103000 книг, запрещённых церковью. Эта встреча и необычная сила собственной руки переносят Тому в центр конфликта, связанного с магами и эсперами.

Фильм является адаптацией всех событий первого тома романа и содержит события не вошёдшие в аниме сериал.