В далёком будущем настал тот момент, когда люди были вынуждены покинуть Землю и переселиться в другую галактику. Первой на выбранную для заселения планету прибывает передовая группа космических кораблей, перед которыми стоит задача провести терраформирование. Люди не тратили время в путешествии, каждого члена команды «печатает» биологический 3D-принтер.

Прошёл год спустя с «инцидента в Тачикаве» летом 2015-го. «Общество» — система, преобразующая души людей в физическую форму. Эта сила была дана Руи Ниномии инопланетянином Берг-Катце после того, как он вынул блокнот Руи. Эта система распространилась по миру. Премьер-министр Японии, Сэйтаро Сугаяма, поддержал это начинание, но не все согласны с его политикой — его самолёт атакует загадочная группировка, тем самым зародив начало нового конфликта.

События в этой истории происходят в Японии в начале лета 2015 года. 180 000 человек живут в городе Татикава, «втором мегаполисе» района Токио. В их числе гатчамены — воины, которые сражаются в специальных костюмах, усиленных NOTE, особой духовной силой живых существ. Только эти воины, хотя их сила до конца и не изучена, способны защитить Землю от инопланетных врагов. В последнее время они вынуждены сражаться с таинственной сущностью, известной как MESS.

При трагических обстоятельствах узнав об истинной природе «Сивиллы», инспектор Аканэ Цунэмори принимает решение подчиниться системе, искренне веря, что в конце концов человечность и правопорядок смогут сосуществовать в гармонии.После дела Сёго Макисимы и исчезновения Синъи Когами суматоха в департаменте утихла, и город вернулся к прежней размеренно управляемой жизни. Инспектор Цунэмори теперь — член нового подразделения полиции, а преследование и задержание преступников для неё отныне привычное дело. Казалось бы, жизнь вернулась в свою колею, но Аканэ пока не подозревает, что скоро она столкнётся с настоящим чудовищем, которое сотрясёт Систему до самого её основания...

Коёми Такасаки, живущий с матерью после развода родителей, поступает в подготовительную школу при местном университете. Школьная жизнь, насыщенная событиями и приятным времяпрепровождением с друзьями, обходит Коёми, сосредоточенного на учёбе, стороной. В старшей школе он предпринимает попытки найти друзей, но у него ничего не выходит. Его жизнь по-настоящему меняется только тогда, когда к нему неожиданно обращается его одноклассница Кадзунэ Такигава, которая рассказывает ему, что прибыла из 85-го мира, где они с Коёми давным-давно возлюбленные.