Однажды над Землёй появились гигантские объекты — Столпы, неуязвимые к земному оружию и угрожающие всему живому на планете. В тот момент, когда человечество оказалось на грани уничтожения, перед изумлёнными людьми появилось загадочное существо — бог, назвавшийся Одином. Он объявил о контратаке против Столпов и дал людям средство для победы — хирокрафты, оружие, похожее на самолёты первой половины прошлого века. Пилотировать их способны лишь избранные, девы войны, зовущиеся валькириями.После появления Столпов прошло пять лет, однако война человечества за выживание всё ещё продолжается по всему миру. Не стала исключением и Япония, где на свящённой горе Фудзи объявился один из Столпов. Ему противостоят три опытные валькирии, однако каждая из девушек имеет ряд собственных проблем. Повествование же начинается с момента прибытия нового пилота-аса, Клаудии Бруфорд, получившей прозвище Синигами из-за того, что после каждого боя все союзники Клаудии погибают.

Фильм ставит точку в истории о Томое Аки и его пути к созданию игры, покоряющей сердца всех игроков. Вместе с Мэгуми он нашёл новых людей в команду, чтобы восполнить уход Утахи и Эрири, и работа теперь идёт полным ходом. Уже совсем скоро будет проходить Зимний Комикет, поэтому игру нужно делать как можно быстрее, но без трудностей не обходится.Теперь, после ухода таких важных участников, вся тяжесть разработки и написания сценария лежит на Томое. Но хотя создание первых глав и далось ему легко, дальше у Томои наступил творческий кризис, и он всё никак не может решить, что написать в финальной части. Мэгуми всячески старается ему помочь, только не всегда может понять, чего же Томоя хочет.Однако случаются непредвиденные вещи, заставляющие Томою выбирать между помощью друзьям и завершением разработки. А Мэгуми открывает свою новую, скрытую до этого сторону. Как они справятся с проблемами? Что будет с Blessing Software? И самое важное — кто станет для Томои его главной героиней?

Одним прекрасным днём ученик старшей школы находит чей-то личный дневник, подписанный как «Дневник болезни». Вскоре выясняется, что дневник этот принадлежит Сакуре Ямаути, однокласснице главного героя. Прочтя его, Харуки Сига узнаёт, что девушка страдает смертельной болезнью — её поджелудочная железа перестала работать. Чтобы поддержать её в этой нелёгкой ситуации, юноша решает подружиться с Сакурой, несмотря на их совершенно разные характеры.