В самом сердце Италии Агентство социального обеспечения спасает маленьких девочек, обречённых на неполноценную жизнь или даже смерть. С помощью новейших достижений кибернетики оно даёт им второй шанс, новую жизнь. С новыми модифицированными телами и искажённой памятью девочки должны стать убийцами, работающими на итальянское правительство. Однако в глубине души они всё же остаются детьми, борющимися за одобрение тех, кого любят. Пусть даже любовь вызывается искусственно, как часть их работы.Школа убийц — грустная история о том, как девочки пытаются преодолеть свои эмоции и душевные переживания в месте, где к ним относятся как к безжалостным убийцам.

В Токио объявляется неуловимый преступник. Это Сёнэн Батто («мальчик с битой»), подросток на роликах, вооружённый золотистой бейсбольной битой. Первой его жертвой становится молодая девочка-дизайнер Цукико Саги. Цукико кладут в больницу, полиция начинает вялые поиски хулигана, а нападения тем временем совершаются снова и снова. Успешный школьник, две девушки с одной парой глаз, группа самоубийц, игрок, художник... Жертвы множатся, интерес возрастает, и вскоре о Мальчике уже слагают легенды на скамейках возле подъезда. И в тот самый миг, когда кто-то говорит о Мальчике, где-то в темноте загорается золотая дуга опускающейся биты.

Три бездомных компаньона — девочка, сбежавшая из дома, трансвестит и алкоголик — находят в Сочельник брошенного новорождённого, копаясь в мусоре в поисках пропитания. Используя подсказки, найденные рядом с ребёнком, они блуждают по Токио в поисках родителей, сталкиваясь по пути с напоминаниями об их собственных жизнях, от которых они почти отказались.

Юкио Танака, а для друзей Коюки, с детства любил петь. Впрочем, талант его не нашёл применения, и сам он ведёт обыкновенную школьную жизнь.Однажды он спасает странного пса, на вид состоящего будто из частей разных собак, и так знакомится с его хозяином, гитаристом Рюсукэ Минами. Постепенно Коюки начинает всё больше общаться с Рюсукэ — тот талантливый музыкант и мечтает основать собственную группу.Проходит время, и Рюсукэ, собрав талантливых ребят, создаёт группу, назвав её в честь своего пса — «Бек». Сестра же Рюсукэ, красивая и энергичная девушка одного возраста с Коюки, Махо Минами, первой оценивает его талант и предлагает того на роль вокалиста.

Действие происходит в Германии, в Дюссельдорфе. Неизвестный проникает в дом семьи Либертов, убивает родителей и простреливает их сыну голову, не трогает лишь его сестру, которая забывает всё от шока. В том же городе работает гениальный японский нейрохирург Кэндзо Тэмма, сумевший спасти жизнь мальчика.Спустя много лет раненого человека привозят в госпиталь. Спасши ему жизнь, Кэндзо узнаёт, что тот причастен к продолжающимся в Германии серийным убийствам. Вскоре и Кэндзо оказывается замешан в этом деле, когда у него на глазах тот самый спасённый ребёнок, выросший теперь в юношу, хладнокровно убивает спасённого человека.Кэндзо предстоит очистить своё имя, узнать о спасённом им много лет назад ребёнке и переосмыслить саму ценность жизней, которые он спасает, работая хирургом.