Прошло два года с окончания войны между EAF и Координаторами. В мире установились шаткие покой и равновесие, которые, впрочем, не устраивают ни тех, ни других. Чтобы возобновить конфликт, группа координаторов направляет колонию Юниус 7 на Землю, рассчитывая на то, что её падение уничтожит практически всё население Земли. Силами ZAFT колония взорвана, но её осколки наносят поверхности планеты огромный урон, и война разгорается с новой силой. Главные герои вынуждены вновь взяться за оружие, чтобы спасти мир, которым они так дорожат.
2225 год. Кодзи Айба и Аой Хосэн проходят курс обучения астронавтов на космической станции «Либе Дельта», расположенной на краю моря Гедальта. Море Гедальта — это странное поле, которое, подобно нервной сети, связывает планеты, но уничтожает любой корабль, зашедший туда слишком далеко.Внезапное нападение разрушает мирную жизнь станции. Неизвестные злоумышленники отправили «Либе Дельту» в глубину Гедальта. В попытке предотвратить погружение станции все инструкторы погибли, а немногочисленные выжившие студенты, в том числе и Кодзи с Аой, эвакуировались на космическом крейсере «Ривиас». Теперь они пытаются найти путь домой, преодолевая опасности космоса, многочисленные трения внутри коллектива и атаки диверсантов, зачем-то продолжающих преследовать корабль.
Накадзима Ёко самая обычная, несколько стеснительная школьница. В один прекрасный день загадочный человек по имени Кэйки появляется перед ней и клянётся в верности. Не успела она толком осознать, что же происходит, как на неё и на её друзей набросились существа, по виду напоминающие демонов, после чего всех их утянуло в другой мир. Новый мир был не похож ни на что-либо из прежде известного Ёко. И теперь вдали от Кэйки, Ёко и её друзьям придётся сделать всё, что в их силах, если они хотят выжить в этом новом для них мире.
