Фаарен был мирной и счастливой землёй, управляемой мудрым королём, до тех пор, пока его не наводнили чёрные легионы демона-лорда Акдама. Король был убит, а королева — захвачена в плен, однако принца Серриоса надёжно укрыли в безопасном месте. Теперь он сильный молодой воин, обученный мастерству фехтования соратником своего отца, Райусом.

История о четырнадцатилетнем безвольном и мрачном подростке Коити Хаясэ, с детства подвергавшегося издевательствам и уже смирившимся со своим положением. В один день вся его жизнь переворачивается: умерев при несчастном случае, он неизвестным образом получает столь желанную силу. С детства грезивший о такой возможности, он, не задумываясь, бросается в идущие в его городе бои между неизвестными и силами самообороны.

Напряжённость отношений шаткого перемирия между натуралами и координаторами приводит к новой войне между Земным Альянсом (EA) и PLANT.Свен — боец элитного отряда Земного Альянса, выполняющий миссии по устранению координаторов и их баз. Селена — исследователь-координатор, занимающаяся разработкой проекта «GSX-401FW Stargazer». Хотя из-за происхождения они находятся по разные стороны баррикад, развивающаяся война заставляет их пути пересечься.

Прошло два года с окончания войны между EAF и Координаторами. В мире установились шаткие покой и равновесие, которые, впрочем, не устраивают ни тех, ни других. Чтобы возобновить конфликт, группа координаторов направляет колонию Юниус 7 на Землю, рассчитывая на то, что её падение уничтожит практически всё население Земли. Силами ZAFT колония взорвана, но её осколки наносят поверхности планеты огромный урон, и война разгорается с новой силой. Главные герои вынуждены вновь взяться за оружие, чтобы спасти мир, которым они так дорожат.

В отдалённом будущем большая часть человечества уничтожена внеземными существами, именуемыми «Фестумы». Выжившие ведут жестокую борьбу с пришельцами, стремящимися объединить всё живое в единую сущность.Однако в таком мире существует и спокойный уголок — используя особые укрытия, жители острова Тацумия пытаются обеспечить своим детям беззаботное взросление. Но однажды и эта защита пала, после чего на войну с Фестумами вышли сами дети, которых долгие эксперименты с генной инженерией сделали главной надеждой людей — только они способны управлять огромными боевыми машинами Фафнирами.

Во второй половине двадцать первого века люди покинули Землю и стали жить в космосе. Чтобы приспособиться к новой жизни и бороться с враждебными существами с Юпитера, были созданы и обучены управлять вооруженными роботами искусственные люди с улучшенными генами – «Принцы». История повествует об одном таком подростке по имени Хитачи Изуру, который проходит обучение в научном городе Грандзехле.

В недалёком будущем на удалённом острове под названием «Потерянная земля» появился новый вид людей — альтерюзеры, умеющие манипулировать материей и преобразовывать её в нечто другое. На этом острове гражданами считаются лишь те, кто родился внутри обнесённого стеной города, в то время как все остальные ведут полузаконное существование в бесплодных землях. Пытаясь поддерживать мир, подразделение HOLY, состоящее из элитных альтерюзеров, под командованием полицейских войск HOLD захватывает группу «альтерюзеров-туземцев» и предлагает им выбор: присоединиться к HOLY или быть заключёнными в тюрьму. Но действительно ли HOLY заинтересована во всеобщем благе, или же у неё имеются какие-то иные мотивы?

С момента последней крупной схватки с фестумами минуло два года. Жители острова Тацумия стали постепенно возвращаться к своей прежней размеренной жизни.Ослепший Кадзуки Макабэ с каждым днём всё больше теряет веру в обещание, данное ему Соси Минасиро прямо перед своим исчезновением, что он вернётся, и всё вновь станет по-прежнему. Но всё меняется однажды ночью с появлением неопознанной подводной лодки в бухте острова Тацумия, на борту которой оказывается таинственный юноша по имени Мисао Курусу, утверждающий, что его послал не кто иной, как Соси. С появлением Мисао вражда между фестумами и человечеством вспыхивает с новой силой. Кадзуки и остальным пилотам фафниров приходится вновь схлестнуться со старым врагом, на этот раз, пожалуй, в самой важной битве в их жизни — битве, которой суждено определить будущее людей и фестумов.