В недалёком будущем человечество сталкивается с неминуемой угрозой от загадочных инопланетных существ. Весь мир погружается в войну с этими существами, против которых обычное оружие бесполезно. И тогда ученые разрабатывают новый прототип оружия, которое сочетает в себе науку и магию. Для достижения наибольшего эффекта его должны использовать девушки-подростки, именуемые «Лилии». Они обучаются в специальных военных академиях, которые также служат базами для защиты людей. Эта история о девушках, которые стремятся стать «Лилиями», чтобы защитить весь мир.

Существует одна городская легенда, в которой рассказывается о синигами — боге смерти. Он может освободить человека от боли, вызывающей страдания. У этого «ангела смерти» есть имя — Бугипоп. Это не выдуманная история, Бугипоп существует. Когда в Академии Синъё случается цепочка таинственных исчезновений учениц, полиция и преподавательский состав предполагают, что это просто группа прогульщиков, которые решили сбежать с уроков. Но некоторые ученики знают правду, таинственную и по-настоящему подлую. Неужели это Бугипоп похищает учеников или же что-то ещё более зловещее?..

Действие происходит в столице Бадона через год после событий основного сериала и показывает, как Джин и остальные сотрудники отдела АККА готовятся к годовщине установления нового порядка. Для героев, оказавшихся между слухами о беспорядках, неизменными днями, воспоминаниями и новыми начинаниями — время вновь начинает двигаться вперёд.