Оказавшись, как и множество других людей, в ловушке онлайн-игры «Новые врата», Синъя Киритани, в игре известный под ником Син, сражался изо всех сил и дошёл до самого конца. Многие его товарищи погибли на пути к общей цели, но в итоге Син смог одолеть финального босса. Он с облегчением выдохнул, когда увидел, что его друзья один за другим разлогиниваются и покидают игру.Уже никуда не торопясь и наслаждаясь чувством выполненного долга, Син получил награды за победу, удивился тому, какими заоблачными стали его показатели силы и прочего, и уже собирался выйти, когда за его спиной вдруг появились двери. Решив на всякий случай проверить, Син прошёл через врата. Как выяснилось позже, эти двери вели обратно в мир игры, только с момента его победы и освобождения игроков в игре минуло пятьсот лет.Кнопка выхода перед Сином так и не появилась. Однако причин отчаиваться нет. Тем более пора заняться делом и заново освоить игру!
Кён — обыкновенный японский школьник, уже давно не верящий ни во что, выходящее за рамки привычного. Однако, познакомившись с одноклассницей Судзумией Харухи, тот вскоре узнаёт, что существуют и пришельцы из будущего, и инопланетяне, и даже экстрасенсы — все они среди нас, да к тому же маскируются под рядовых школьников!А началось всё с недовольства Харухи отсутствием в школе интересных клубов. Но ведь нет ничего проще, считает Кён, если нет нужного — сделай сам, о чём и заявляет Харухи. Как оказалось, зря. Отныне в школе появляется Бригада SOS — клуб по поиску и изучению паранормального!Первым членом, помимо Харухи, становится, конечно же, Кён, на тот момент мечтающий уже только об одном — чтобы взбалмошная девчонка оставила его в покое. Размещаться SOS будут в комнате литературного кружка, там всё равно сидит лишь Юки Нагато, по совместительству инопланетянка. Но трое — слишком мало, надо найти ещё кого-нибудь, например... вот эту милую второклассницу с потрясающей... гм... не важно. Четвёртым членом, пусть и не по своей воле, становится Микуру Асахина, путешественница во времени. Для полного комплекта не хватает лишь таинственного незнакомца, возникшего из ниоткуда и преследующего свои тайные цели. Лёгок на помине! Вскоре в школу переводится Ицки Коидзуми, он же — экстрасенс.Теперь все в сборе, пора начинать поиски неведомого!
События сериала разворачиваются спустя два месяца после случившегося на подлодке «Туата Де Дананн» в конце первого сезона. «Мифрил» узнаёт о секретной организации, владеющей технологией, способной взломать ECS (систему электронных замков). Эта организация, известная как Амальгама, также обладает некоей «тёмной технологией», полученной от «виспера», такого же, как Канамэ Тидори, и, как и другие секретные службы, не хочет останавливаться на достигнутом... Когда миссия Сосукэ по защите Тидори отозвана «Мифрилом», всё необходимое для плана Амальгамы расставлено на места...