Чем-то на Окинаве начало попахивать. Вскоре Каори и её друзья, которые приехали сюда отдохнуть, понимают, что запах исходит от мёртвой рыбы, которая выходит из моря. Рыба ходит на железных ножках и заражена неизвестной болезнью, которую некие люди планировали использовать как биологическое оружие. После всего, что происходит, Тадаси и Каори понимают, что новый мир очень похож на старый, только со зловонием смерти.

Мисудзу — скромная и тихая школьница, живущая со своим младшим братом Рётой. Она ждёт возвращения домой своей старшей сестры, но вместо неё заявляется Наоко — пришелец с планеты Юрия, которая хочет завоевать Землю путём её полной юрификации. Наоко поселилась на крыше дома Мисудзу в строении, похожем на скворечник. Теперь Мисудзу приходится терпеть все ненормальные выходки Наоко. Однако мать и братик Мисудзу, даже её подруга Хии на редкость спокойно приняли новую знакомую, да и сама Мисудзу, похоже, в глубине души рада новой подруге.

Коконоцу Шикада — юный наследник семейного бизнеса, в отношении которого отец лелеет большие надежды. На месте Шикады любой молодой человек, обладающий деловой хваткой, был бы рад вверенному в его распоряжение прибыльному предприятию. Однако парень отказывается от наследства. Может показаться, что причина этому заключается в том, что под многозначительным словосочетанием «семейный бизнес» имеется в виду крошечный бесперспективный магазинчик сладостей, расположенный на отшибе. Но нет, дорогие дамы и господа. Шикада просто метит выше: он хочет стать известным сёдзё-мангакой!Однажды летом в магазинчик наведывается эксцентричная девушка, которая представляется дочерью владельца крупной кондитерской компании с мировым именем. По её словам, отец Шикады настоящая знаменитость среди японских конфетчиков, и в связи с этим она, Хотару Шидарэ, планирует рекрутировать его в штат семейной компании. Но папочка оказывается не лыком шит и согласится работать на стороне лишь при условии, что девушка сможет убедить его сына принять бразды правления над крошечным бесперспективным магазинчиком сладостей, расположенном на отшибе.

Развитие событий аниме-сериала происходит в далёком будущем. В центре сюжета — противостояние между огромными загадочными монстрами, прозванными Арагами (от яп. 荒神 — бог насилия) и сотрудниками организации Фенрир, призванными остановить разрушения, учинённые этими чудовищами. Также сотрудники Фенрира вооружены особыми божественными орудиями, которые состоят из клеток огромных монстров, за что и были прозваны Пожирателями Богов.

Жизнь сестёр Йойо и Нэнэ полна каждодневных забот и приключений, поскольку они «наводят проклятья, их же снимают, сёстры-колдуньи способны на всё», прямо чувствуешь, что и правда для них нет ничего невозможного.Встречайте! Нэнэ — вдумчивая, рассудительная и собранная колдунья. А вот «малышка» Йойо полная противоположность сестры не только внешностью — она заводная, энергичная и с не покидающей лица улыбкой, а раз уж взялась колдовать, то на полную: «жахнуть», так вложив побольше силы в заклинание, успокоить и развеселить ребёнка, так ускорив рост растений в сотни раз и вдохнув в них каплю жизни в ритме танца. Так что победа над огромным монстром до обеда становится для них лёгкой задачей на день.Однако сегодня не только монстр нарушил идиллию леса, в котором они проживают, ведь как с ним закончили, так внезапно вырастает гигантское дерево с вплетёнными в него высотными зданиями, автомобилями, фонарными столбами, которые выглядят словно они из нашего с вами мира. Йойо сразу вызывается на разведку, где замечает пару детей и... переносится в наш мир!Какие же приключения ждут очаровательных сестёр-колдуний в этом хаосе двоемирья, сказочного и нашего современного?

После событий второго фильма Синдзи Икари пробуждается спустя 14 лет. Он не понимает, что происходит, но постепенно ему открывается пугающая истина. В результате Синдзи придётся снова сражаться с Ангелами вместе с неожиданными союзниками, преодолевая сопротивление бывших друзей. И снова судьба бросит его на передовую войны и заставит принимать решение за всё человечество. Что же он выберет в этот раз?