Каждый человек имеет право на перерождение после своей смерти. Вот и Асахи Икусаба воспользовался им, когда после несчастного случая оказался в другом мире. Увы, на этом его удача себя исчерпала: никаких особых способностей он не получил, так что не может сполна наслаждаться новой жизнью.Решив испытать судьбу, Асахи вступил в неравный бой и осознал, что сейчас умрёт снова, но на помощь ему пришла его старшая сестра Мая, которая и спасла братца от неминуемой смерти. В отличие от брата, пришедшая в тот же мир Мая получила как умения, так и невероятную силу. Брат и сестра жаждут вернуться домой, но пока не знают как, так что отправляются в путешествие, чтобы найти дорогу в свой мир.

Пикачу и другие покемоны помогают братьям Пичу попасть на поезд, по пути разбивая лагерь в лесу и укрываясь от дождя на старой водяной мельнице.

Одинокий странник по имени Мунсу, пересекая пустыню, теряет сознание под палящим солнцем. Его выручает Мон Рён, молодой и доверчивый парень. Познакомившись с Мунсу, юноша ведает ему о своей мечте стать агентом Чюсин — страны, которая недавно была уничтожена — а также о том, что эта мечта целиком посвящена спасению его любимой, Чхунхян, которую похитил узурпатор Бён Хакдо...

Сатоши и его друзья отправляются в Ларусс, где они встречают мальчика по имени Тоои, который после перенесённой четыре года назад психологической травмы боится покемонов. В это время полностью оправившийся после боя Деоксис атакует Хоэнн, установив барьер вокруг города и похищая людей. Покемон по имени Рейкваза, живущий в озоновом слое Земли, приходит, дабы одолеть его.

Сатоши, Касуми и Такэши попадают в столицу воды — Альтомар. Здесь они совершенно случайно встречают Латиас и Латиоса — покемонов-хранителей сокровища «Капля сердца», о существовании которых в городе ходят легенды.Всемирно известные воровки Заннер и Лион стремятся завладеть таинственным артефактом, и их действия грозят стереть Альтомар с лица земли.

Сюжет истории разворачивается после окончания турнира «Священный Путь», что проходил в предыдущей части аниме.Тэнма возвращается в среднюю школу Раймон, но это уже не та школа, что он знал, а все участники команды больше не играют в футбол. Когда же Тэнма встречает Альфу, капитана команды «Протокол Омега», он понимает, что находится в параллельном мире, где Альфа — участник секретного проекта по уничтожению футбола в будущем.Чтобы помочь Тэнме в его приключениях, фургончик команды из предыдущей части был изменен в летающую машину времени.

Сатоши вместе с друзьями прибывает в королевство Камарон, чтобы поучаствовать в турнире. Юный тренер покемонов выходит победителем, а в награду получает посох сэра Аарона, который по легенде спас королевство от нападения несколько сотен лет назад. Посох оказывается местом заточения легендарного покемона Лукарио, который вдруг вырывается из него и утверждает, что сэр Аарон никакой не герой, а предатель, бросивший его и королевство на произвол судьбы. Тем временем Пикачу, маленький друг Сатоши, внезапно пропадает! Теперь Сатоши и его верным спутникам предстоит отправиться на его поиски. Смогут ли они его найти? И сможет ли Сатоши подружиться с Лукарио и заслужить его доверие?

Очнувшись в незнакомом месте, герой обнаруживает, что серьёзно ранен. Он не помнит, как его зовут и чем он занимался, на его лице — маска, которую нельзя снять. Люди, спасшие его, — семья из двух девушек и старухи — принимают его в своём доме. Вскоре он решает остаться у них и жить мирно в этой небольшой деревушке.Однако мирная жизнь не продлилась долго. Одно за другим события втянули его и односельчан на путь войны за свободу.Кто он? Откуда пришёл? Куда приведёт его война с ужасным императором?

Профессор Лейтон получает письмо от знаменитой оперной певицы Дженис, в котором она приглашает посмотреть своё новое выступление и помочь ей в одном загадочном деле. Подруга Дженис, Мелина, умерла год назад, но позже вернулась в обличье семилетней девочки, утверждая, что нашла ключ к бессмертию. Дженис поначалу отнеслась к этому заявлению скептически, но девочка знала мельчайшие подробности жизни и секреты Мелины, которые могла знать только она. Очарованный мистической тайной, Лейтон отправляется в здание оперы, где оказывается вовлечён в смертельную игру.