Столетия назад в средневековой Японии ещё можно было встретить мистических крылатых дев, имеющих связь с потусторонним миром и обладающих мощными магическими силами. Они были призваны помогать людям, но в суровой реальности той эпохи стали заложницами сильных мира сего, использующих их как оружие в войнах. Эти чистые душой существа не могли выжить в людской грязи, умирая одна за другой. С последней из несчастных, Канной, содержащейся под строжайшей охраной, сдружились молодой самурай и его жена. Между ними возникла особая духовная связь, которую не смогла разорвать неминуемая разлука. С тех пор из поколения в поколение потомки этой семьи жили с мечтой в сердце, надеясь встретить ту самую крылатую деву, живущую теперь в небесной выси.Уже в наше время Юкито Кунисаки, очередная инкарнация того самого самурая, после смерти матери отправился блуждать по свету, зарабатывая на жизнь забавным кукольным представлением. На своём пути в живописном городке на берегу океана он случайно знакомится с необычной девушкой Мисудзу, в доме которой и останавливается, став её единственным близким человеком. Выясняется, что Мисудзу снятся странные сны, в которых она видит себя парящей в небе с крыльями за спиной. Неужели поиск крылатой девы близится к концу? Или же он столь же бесконечен, сколь бесконечна небесная высь?

Столетия назад в средневековой Японии ещё можно было встретить мистических крылатых дев, имеющих связь с потусторонним миром и обладающих мощными магическими силами. Они были призваны помогать людям, но в суровой реальности той эпохи стали заложницами сильных мира сего, использующих их как оружие в войнах. Эти чистые душой существа не могли выжить в людской грязи, умирая одна за другой. С последней из несчастных, содержащейся под строжайшей охраной, сдружились молодой самурай и его жена. Между ними возникла особая духовная связь, которую не смогла разорвать неминуемая разлука. С тех пор из поколения в поколение потомки этой семьи жили с мечтой в сердце, надеясь встретить ту самую крылатую деву, живущую теперь в небесной выси.Уже в наше время Юкито Кунисаки, очередная инкарнация того самого самурая, после смерти матери отправился блуждать по свету, зарабатывая на жизнь забавным кукольным представлением. На своём пути в живописном городке на берегу океана он случайно знакомится с необычной девушкой Мисудзу, в доме которой и останавливается, став её единственным близким человеком. Выясняется, что Мисудзу снятся странные сны, в которых она видит себя парящей в небе с крыльями за спиной. Неужели поиск крылатой девы близится к концу? Или же он столь же бесконечен, сколь бесконечна небесная высь?

Кён — обыкновенный японский школьник, уже давно не верящий ни во что, выходящее за рамки привычного. Однако, познакомившись с одноклассницей Судзумией Харухи, тот вскоре узнаёт, что существуют и пришельцы из будущего, и инопланетяне, и даже экстрасенсы — все они среди нас, да к тому же маскируются под рядовых школьников!А началось всё с недовольства Харухи отсутствием в школе интересных клубов. Но ведь нет ничего проще, считает Кён, если нет нужного — сделай сам, о чём и заявляет Харухи. Как оказалось, зря. Отныне в школе появляется Бригада SOS — клуб по поиску и изучению паранормального!Первым членом, помимо Харухи, становится, конечно же, Кён, на тот момент мечтающий уже только об одном — чтобы взбалмошная девчонка оставила его в покое. Размещаться SOS будут в комнате литературного кружка, там всё равно сидит лишь Юки Нагато, по совместительству инопланетянка. Но трое — слишком мало, надо найти ещё кого-нибудь, например... вот эту милую второклассницу с потрясающей... гм... не важно. Четвёртым членом, пусть и не по своей воле, становится Микуру Асахина, путешественница во времени. Для полного комплекта не хватает лишь таинственного незнакомца, возникшего из ниоткуда и преследующего свои тайные цели. Лёгок на помине! Вскоре в школу переводится Ицки Коидзуми, он же — экстрасенс.Теперь все в сборе, пора начинать поиски неведомого!

Юи Хирасава — молодая и беззаботная девушка, только-только поступившая в старшую школу. В первый же день учёбы она замечает рекламный плакат «клуба лёгкой музыки» и, загоревшись желанием вступить туда, отправляется записываться в участники.Она приходит в комнату клуба, где её тепло встречают находящиеся там девушки: Рицу Тайнака, Мио Акияма и Цумуги Котобуки. Когда выясняется, что Юи не умеет играть ни на одном музыкальном инструменте, её, несмотря на это, убеждают вступить хотя бы для того, чтобы предотвратить роспуск клуба. А после прослушивания небольшой композиции интерес у Юи разгорается лишь сильнее, и она решает научиться играть на гитаре.Пролетают неделя за неделей; наряду со школьными занятиями и домашней работой Юи учится игре на гитаре, попутно сталкиваясь со множеством проблем и с различным успехом решая их — не без помощи новообретённых подруг. Ей ещё далеко до совершенства, а школьный фестиваль всё ближе и ближе... Успеет ли «клуб лёгкой музыки» подготовиться к своему дебютному выступлению?

События сериала разворачиваются спустя два месяца после случившегося на подлодке «Туата Де Дананн» в конце первого сезона. «Мифрил» узнаёт о секретной организации, владеющей технологией, способной взломать ECS (систему электронных замков). Эта организация, известная как Амальгама, также обладает некоей «тёмной технологией», полученной от «виспера», такого же, как Канамэ Тидори, и, как и другие секретные службы, не хочет останавливаться на достигнутом... Когда миссия Сосукэ по защите Тидори отозвана «Мифрилом», всё необходимое для плана Амальгамы расставлено на места...

В детстве Юити Аидзава часто приезжал погостить в дом своей тётушки в другой город. Однако потом произошло нечто, заставившее Юити не возвращаться к родственникам семь лет. Что именно произошло тогда — он уже не помнит.Наконец, Юити возвращается и поселяется в доме у тётушки, живущей с дочерью одного с Юити возраста. Двоюродную сестру Юити зовут Наюки Минасэ.Проходит день за днём, Юити ходит в школу вместе с Наюки, в школе и вне её он знакомится с несколькими девушками, каждая из которых почему-то кажется ему смутно знакомой.Всё больше общаясь с ними, Юити постепенно начинает вспоминать события семилетней давности...