Однажды тёмной поздней ночью в городе Нью-Йорке Рю Хаябуса оказывается преследуем наёмными убийцами. Расправившись с ними, он выясняет, что они принадлежат к некой корпорации «Friedman Company», глава которой, доктор Нед Фридман, недавно потряс общественность своим заявлением об обнаружении лекарства от рака. С целью выяснить, зачем люди из этой корпорации преследовали его, он находит жилище доктора Фридмана, где сталкивается со своей подругой — журналисткой Сарой, также расследующей ситуацию вокруг таинственного доктора. Вместе они обнаруживают, каким ужасным образом Фридман пришёл к своему открытию и как это плотно связано с прошлым Рю. В этот момент возлюбленная Хаябусы, Айрин Лью, оказывается похищена неизвестными, и Рю вновь предстоит взять на себя роль Ниндзя-Дракона, дабы спасти её и разобраться с новой нависшей над миром угрозой.

История разворачивается в мире, где человечество, покинув свои земли из-за угрозы магических бронированных насекомых, теперь живет на воздушных плавающих городах. Таким образом на свет появились «волшебники» — воздушные бойцы, которые сражаются с насекомыми посредством магии.Каната Эйдж — молодой человек, живущий на плавающей магической академии города Мистоган. Когда-то он был знаменитым «Мрачным мастером меча», элитным профессионалом в специальном корпусе «S128», однако сейчас его презирают, называя «предателем спецкорпуса». Однажды Канату назначают инструктором «E601» — корпуса, потерпевшего 10 поражений подряд. В этой группе его встречают три девушки: Мисора Виталь, Лекти Айзенах и Рико Фламель, у каждой из которых как минимум одна-две причуды.

Куро Дайдзюдзи — бедный детектив, живущий в Аркам-Сити. В один прекрасный день Рури Хадо (президент могущественной корпорации «Хадо») просит его найти книгу заклинаний. Поначалу Куро отказывается, но Рури предлагает ему хорошее вознаграждение, что подкупает его, и он все-таки соглашается.В ходе поиска книги Куро встречает Аль, милую девушку, которая в действительности является мощным гримуаром. Они заключают друг с другом договор, который дарует Куро могущественную магию. Вскоре после этого Аль также активизирует Демонбэйн — машину, принадлежащую корпорации «Хадо» для борьбы с механической угрозой из «Чёрной ложи». На этом начинается война между финансовой корпорацией «Хадо» и «Чёрной ложей».

На континенте Спунер есть горстка колдунов, использующих магию для захвата власти. С их огромной силой простые люди не имеют иного выбора, кроме как подчиняться их законам. Однако у людей есть надежда... Существует тайная организация, борющаяся со злыми волшебниками во имя правосудия. Люди называют их «Охотниками за чародеями».

Косплей-Сити оказывается в опасности, когда туда прибывает Тёмный Лорд Долмек. Командуя армией монстров, он планирует разрушить город. Единственный, кто способен противостоять ему — это супергероиня Милашка Хани. Она же Хани Кисараги — пробудившаяся от длительного сна девушка-андроид, способная к множеству разнообразных трансформаций.Однако, одолеть одного лишь Долмека — недостаточное условие для победы. Дальше случается непредвиденное: Хани предстоит столкнуться лицом к лицу с заклятым врагом из прошлого, секретной злодейской организацией «Коготь пантеры».

Три года прошло с момента окончания войны между джовианцами и землянами. Акито и Юрика считаются погибшими в крушении шаттла, случившемся годом позже. Малышка Рури Хосино продолжает нести службу, но уже сама командуя Надэсико.Благодаря успешному изучению бозоновых прыжков была начата реализация «Плана Хисаго» — создание обширной сети порталов, окажись которая не в тех руках, и быть беде. Что и происходит, когда сеть внезапно оказывается захвачена террористами «Наследники Марса» во главе с бывшим джовианским офицером, представляющим людей, недовольных итогом войны.Для секретного расследования ситуации прямо в гущу событий отправляется собранная вновь вместе старая команда Надэсико, у которых в пути появляется неожиданный союзник.