Во время игры в недавно выпущенную MMORPG под названием «Мир», Май Минасэ и Томонари Касуми услышали загадочный звук, после чего потеряли сознание в реальности и были доставлены в больницу. По прошествии времени полностью оправиться удалось лишь Май, в то время как её друг, Томонари, по неизвестной причине впал в кому. После выписки из больницы, Минасэ встречает создателя «Мира» — Дзюнъитиро Токуоку, который сообщает ей, что Касуми не единственный, в стране находятся ещё шесть игроков, впавших в кому при подобных обстоятельствах. Что такое «Мир»? Что это за таинственный звук, который продолжает слышать Май? Почему люди страдают, находясь в игре? Май, Дзюнъитиро, а также их знакомые отправляются на поиски ответов, пока число пострадавших не увеличилось.

После аварии на скутере, спровоцированной видением таинственной женщины, Анжелино, одного из тысяч бездельников в Даркмит-Сити, начинает мучить головная боль, которая сопровождается странными галлюцинациями. Вместе со своим хорошим приятелем Винсом он пытается выяснить, что с ним происходит. В это же время неизвестные люди в чёрном появляются в доме Анжелино, полные решимости поймать его.

Индекс, одну из главных персонажей истории и по совместительству причину большинства незаурядных событий, происходящих в Академия-Сити, по-прежнему преследуют влиятельнейшие волшебные общества. Сильные мира сего все еще намерены использовать имеющиеся в её голове 103 тысячи запрещенных Церковью гримуаров для достижения своих целей. В эти тяжелые времена ей, как и прежде, придется положиться на своего близкого друга Тому Камидзё, который вместе со вспыльчивой Микото Мисакой и остальными товарищами не намерены оставлять подругу в беде.

Уже несколько десятилетий Японию терроризируют громадные монстры, которые получили название кайдзю. Они появляются из ниоткуда и не только пожирают людей, но и разрушают целые города. Однако за прошедшие годы наука и техника продвинулись далеко вперёд. Для защиты граждан были созданы элитные войска, которые денно и нощно рискуют своими жизнями ради спасения людей. Благодаря этому противостоять угрозе удаётся довольно успешно. Свой вклад в поддержание мирных будней вносят и специальные клининговые отряды, очищающие улицы от туш убитых монстров.32-летний профессиональный уборщик Кафка Хибино, когда-то мечтавший вступить в ряды защитников, после нескольких провалов на отборе опустил руки и убедил себя, что его всё устраивает. Кто-то ведь должен и чистоту наводить, верно? «Неверно», — возражает Кафке новенький стажёр Рено Итикава и сообщает коллеге, что возраст для вступления в боевой отряд недавно повысили до 33-х лет. Получается, у Кафки есть один-единственный распоследний шанс стать защитником людей. Шанс-то есть, а вот ни силёнок, ни здоровья в наличии уже нет. Но главное — найти в себе решимость!«Нашёл!» — сообщил Кафке мелкий летающий кайдзю и залез к нему в рот. Нетренированный Кафка превратился в могучего человекоподобного кайдзю. На которого тотчас начал охоту защитный отряд. Кафка оказался перед дилеммой: с одной стороны, хочет спастись, сбежав от отряда, с другой — хочет стать его частью.