Испытания героев первого сезона завершились благополучно благодаря незримой помощи Юко и Химуры – таинственных хранителей Северного и Южного города. Но откуда у этих двоих право и власть вмешиваться в жизни других людей? Второй сезон дает ответ на этот вопрос, рассказывая историю Хранителей с раннего детства и школьных лет, трагическую повесть, в которую вплелись судьбы всех остальных героев сериала. На пересечении прошлого и будущего развивается и другая история – любви скрипача Кудзэ, доживающего последние дни, и юной Мидзуки, которая может стать новой избранницей, если не отступит, не предаст себя и одолеет все преграды.«Эф - история мелодий» – стилистически безукоризненное полотно, в котором создатели приглашают зрителя заглянуть за грань возможного и показывают, что на это способен любой человек с чистым сердцем. Второй сезон сводит воедино все линии повествования и дает, наконец, понять, что два города, в которых происходит действие – лишь отражения друг друга, символы земного и неземного, повседневного и запредельного, а живут в них одни и те же люди, такие же, как мы с вами.

Мужчина, всю жизнь мечтавший владеть магией, погибает на свой тридцатый день рождения. Однако он перерождается в ином мире в облике мальчика по имени Сион. Он растёт в семье дворян вместе со своей старшей сестрой Мари. Их жизнь складывается так, что дети вместе отправляются на поиски магии.

Начало 1920-х годов. Для Тамахико Симы, младшего члена богатой и влиятельной семьи, всё изменилось: в несчастном случае была покалечена его правая рука. Отец больше не считает его наследником и потому отправляет в деревню, чтобы тот жил вдали от посторонних глаз. Расстроенный этими событиями, Тамахико запирается в своём новом доме, с горечью думая о том, что это место, где он умрёт. Однажды он узнаёт, что отец «купил» ему невесту, которая будет заботиться о нём, так в его доме появляется Юдзуки Татибана. Она входит в его жизнь, как невинный лучик солнца, и взгляды Тамахико на мир и свою жизнь начинают постепенно меняться к лучшему.

Сибуя, Япония, 2008 год. Такуми Нисидзё — ученик средней школы и по совместительству заядлый отаку и геймер, живущий в своём выдуманном мире вместе с красавицей Сэйрой — героиней любимого аниме. Парня не интересует реальность, поэтому он с лёгкостью отбрасывает информацию о загадочных убийствах «Нью Ген», потрясших мирный район Сибуя. Но про «Нью Ген» говорят не только в городе, но и в интернете. Любопытство берёт вверх, и вот Такуми уже переходит по ссылке, любезно отправленной ему собеседником в чате, на фотографии розоволосой девушки, стоящей на месте убийства...Где реальность, а где разыгравшееся воображение Такуми и предстоит разобраться.

Юити Эдзаки сильно не повезло: в свои семнадцать лет он умудрился заразиться гепатитом А и его надолго положили в больницу, изолировав от семьи и друзей. Юити стал постепенно поправляться, и его начала донимать невыносимая скука. Тогда же у него появилась привычка по ночам убегать из палаты. Пару раз это замечала медсестра и наказывала его, но урок прошёл даром — Юити продолжил свои ночные прогулки, только теперь более осторожно.В один из таких походов парень познакомился с Рикой Акибой. У неё тяжёлое заболевание сердца, и бо́льшую часть своей жизни Рика провела в больницах. Может, поэтому у неё сложился довольно дурной характер. Но скука больницы и одиночество сближают эту пару. Рика не может решиться на сложную и рискованную операцию, но, общаясь с Юити, она находит в себе силы преодолеть себя.Через некоторое время в больницу прибывает молодой и талантливый хирург Горо Нацумэ, который должен сделать операцию Рике. Но что с ними будет после? Смогут ли два больных человека построить своё счастье или вновь замкнутся в скорлупе собственного одиночества?

Заблудившись на территории Токийского университета во время вступительной церемонии, первокурсник Тада Банри вместе с другим новичком Янагисавой Мицуо натыкается на девушку с букетом цветов. Ударив Мицуо букетом, та уходит. Выясняется, что это подруга детства Мицуо — Коко Кага, с которой они договорились пожениться. Однако Мицуо сбежал от «невесты» и поступил в университет. Коко Кага, тем не менее, настроена решительно и, поступив в тот же университет, продолжает борьбу за «жениха».Банри и Кага ещё не знают, что эта встреча станет для них судьбоносной.