Сезон разделен на две части:Первая «вступительная» состоит всего из 13 эпизодов. В ней врагами девочек становятся пришельцы — брат и сестра, Эйл и Энн, которые прибыли на Землю, чтобы наполнить свое древо Темного Мира энергией за счет людей.Вторая же часть начинается с появления таинственной девочки, которая почему-то очень похожа на маленькую Банни. Даже прическу носит такую же! Только вот требует она серебряный кристалл.В добавок к этому, появляется явный новый враг — клан черной луны со своими прислужниками: Рубиусом, Сапфиром, Принцем Алмазом и Прорицателем, которые хотят уничтожить серебряный кристалл, чтобы разрушить будущий Хрустальный Токио...
Однажды Алисе приснился сон, в котором она была совсем другим человеком и жила на Луне. Сон был столь странным и одновременно реальным, что с тех пор девушка только об этом и думает. А через некоторое время оказывается, что два её одноклассника тоже видят странные «лунные сны», об одном и том же. Вместе они начинают понимать, что видят обрывки своей прошлой жизни, в которой были инопланетными учёными, наблюдавшими и защищавшими Землю со своей научной станции. Чтобы полностью во всём разобраться, герои решают найти остальных членов семёрки исследователей. С каждым шагом всё усложняется и запутывается, и приходит осознание, что прошлое непременно и дальше будет преследовать и влиять на их жизни...
Кусуко Харада влюблена в своего одноклассника Такэси Мисиму, являющегося тем ещё плейбоем, меняющим девушек как перчатки. Видя такое отношение к девушкам, Кусуко скрывает свои чувства к Такэси, что ошибочно воспринимается им как полное безразличие и холодность к нему. Однако со временем им всё же удаётся преодолеть взаимное недопонимание и даже начать встречаться друг с другом. И чем больше Кусуко встречается с Такэси, тем сильнее она его любит. Но вот однажды она слышит, как Такэси разговаривает с другой девушкой по телефону.
В прошлом, когда маленький Мамору был в больнице, он подружился с мальчиком по имени Фиоре, которому подарил розу. Тогда Фиоре пообещал ему, что когда-нибудь он подарит ему много-много цветов, и они опять будут неразлучны. Теперь он вернулся на Землю, полный решимости выполнить свое обещание.
Мир наконец спасён, и теперь нужно приложить все силы к учёбе, ведь девочки теперь в выпускном классе! Но не тут-то было: появляется новый сильный враг, создающий демонов, которые отбирают чистые сердца у людей в поисках трёх талисманов, что призовут Священный Грааль с огромной силой для своих корыстных целей. Чтобы помешать им, являются незнакомцы Сейлор Воины — Уран и Нептун, но они пытаются опередить врагов и найти талисманы без помощи Сейлор Мун.
Во время школьной экскурсии на токийскую телебашню три юных девы Хикару, Уми и Фу были перенесены в мир под названием Сефиро. Несмотря на явное нежелание участвовать в угрожающей их жизни авантюре, они попали в центр интриг по спасению мира, где им в меру своих сил помогает мастер по владению магией Клеф. Получив каждая по магической силе, они узнали, что высший жрец Дзагато похитил краеугольный камень Сефиро — принцессу Эмерауд, без которой Сефиро обречён на уничтожение. Эта принцесса и смогла призвать их из Японии ради спасения своего мира.
Профессор астронавтики Какэру Озоро спасает Луну из-под колес машины. Луна очень благодарна ученому и понимает, что влюбилась в него. Тем временем на Токио обрушивается метель, и на людей нападают демоны, которые ищут кристалл Снежной принцессы Кагуя. Этот самый кристалл находится у профессора Какэру. Камень оказывает негативное влияние на Какэру, и он ссорится со своей девушкой, которая должна полететь в космос с экспедицией из Соединенных Штатов. Луна хочет стать человеком, чтобы как-то помочь Озоро.
Первый эпизод вкратце описывает события в SM, SM R и SM S.Второй о круизном приключении Харуки и Мичиру. Они сражаются с одним из демонов, и в итоге решают оставить злодея основной сейлор-команде (этим и объясняется, почему Аутеры не появляются в сезоне).В третьем эпизоде Малышка раскрывает одного из своих одноклассников и сражается как Воин в Матроске в замке вампира.
