События разворачиваются в недалеком будущем.После падения на Землю метеорита, на планете стали происходить странные смерти. Вскоре выясняется, что виной всему принесенные метеоритом то ли призраки, то ли души существ, названных «Фантомами». Их родная планета была уничтожена, и, блуждая, ее осколок попал на Землю.Люди, которых касаются Фантомы, погибают. Но на Земле еще есть города и поселения, окруженные энергетическими барьерами, которые способны противостоять фантомам — здесь люди борются над проблемой выживания человечества.Судьба мира в руках горстки смельчаков — ученой Аки Росс, доктора Сида и капитана техноспецназа Эдвардса.В течение всего сюжета происходит противостояние ученых и военных в вопросе способа ликвидации Фантомов и победы в войне.

1. «Последний полёт "Осириса"» (англ. Final Flight of the Osiris)Команда исследовательского корабля «Осирис» обнаруживает армию вторжения. Пока один из членов команды проникает в Матрицу с целью доставки предупреждения, другие отчаянно пытаются дать ей достаточно времени, борясь с натиском роботов-стражей...2-3. «Второе возрождение» (англ. The Second Renaissance)Люди пытаются создать идеальный ИИ (искусственный интеллект), который не уступал бы человеку. Но во взаимоотношениях людей и машин возникают разногласия, в итоге от протестов роботов и создания ими своего государства конфликт скатывается к войне. Люди применяют климатическое оружие, чтобы, закрыв небо облаками, лишить роботов основного источника питания. Но роботы находят другой источник питания — людей. В конечном счёте люди проигрывают эту войну, становясь «живыми батарейками», попавшими в ловушку Матрицы...4. «Детская история» (англ. Kid's Story)Один подросток, проснувшись от сверхреалистичного сна, понимает, что всё вокруг — генерируемое Матрицей пространство, а реальность — то, что он видел во сне. За ним начинают охотиться одетые в одинаковые костюмы люди. Он пытается сбежать, пользуясь помощью Нео.5. «Программа» (англ. Program)Действие эпизода происходит в симуляции главной героини Сис, выполненной в средневековом японском стиле.6. «Мировой рекорд» (англ. World Record)Во время важнейшего для спортсмена забега он перенапрягается, получает травму, но продолжает бежать, прилагая сверхчеловеческие усилия. Это сказывается на его физическом состоянии, возникает угроза того, что он проснётся в реальном мире. Агенты, вселившиеся в других спортсменов, пытаются догнать его, но не могут.Дэн просыпается в капсуле и видит робота-сборщика. Он пересекает финиш в Матрице с невероятным результатом, но полученная на финише дополнительная травма лишает его части двигательных функций, поэтому после этого он всё-таки был оставлен в живых Агентами. Однако, находясь в инвалидной коляске, Дэн решает стать свободным и пытается перебороть Матрицу и встать на ноги...7. «По ту сторону» (англ. Beyond)Во время поисков своей пропавшей кошки девушка находит странный дом и компанию детей, играющих в нём. В этом доме искажается гравитация и происходят другие странные вещи. Тем временем Матрица замечает «ошибку рендеринга» в локации со старым домом, и туда высылается отряд зачистки...8. «Детективная история» (англ. A Detective Story)История начинается со сцены в поезде. Человек, одетый в духе детективных нуар-романов, в мятом плаще и без шляпы, прикуривает сигарету, направляя на кого-то пистолет. Этот человек — Эш, частный детектив.Далее следует предыстория, рассказывающая о его очередной работе по поиску таинственного хакера Тринити. Следуя по полученным подсказкам, он попадает на поезд, где выясняется, что он слишком близко подошёл к тайнам Матрицы, а через него Агенты пытаются захватить Тринити. Эш понимает, что Тринити — его шанс понять, что же всё-таки происходит. Однако за ними уже посланы Агенты — люди в чёрных очках, строго одетые и с одинаковыми пистолетами. Отбиваясь от них, Эш сам чуть не превращается в одного из них, и Тринити решает, что он «не справился». Она стреляет в него и собирается уходить. Но детектив говорит ей вслед, что хотел бы пойти с ней. Он винит себя в том, что не смог пройти тест. Тринити возражает, что «тест и выбор — не одно и то же». Тринити исчезает, выпрыгивая из поезда в разбитое окно, а в вагон вбегают Агенты — люди в чёрном, ищущие Тринити и Эша. Последние кадры эпизода повторяют самое его начало. Эш наводит пистолет на агентов и рассматривает их.9. «Посвящённый» (англ. Matriculated)Действие сюжета происходит в далёком будущем, во время войны между людьми и машинами. Главным персонажем является робот модели «Раннер», оказавшийся одним из первых среди машин, подключённых к Матрице.