Пробудившийся ото сна легендарный ледяной покемон Кюрэм готовится обрушить на Юнову свою ужасающую мощь. Одолев в сражении отряд покемонов «Мечников справедливости», он даёт возможность сбежать одному из них — Кельдео. Скитаясь в поисках укрытия от грядущего бедствия, Кельдео натыкается на надёжных тренеров: Сатоши, Дента и Айрис. Это даёт Кельдео так необходимый ему шанс на реванш с ледяным монстром. И даже, возможно, победу на ним.

События в городе Аламос принесли за собой ряд глобальных изменений в атмосфере. Завеса измерений стала хрупка, что позволило легендарному покемону Гиратине покинуть пределы своего измерения и вступить в бой с Диалгой. По какой-то причине под раздачу попал и маленький покемон Шеймин. Убегая от гнева Гиратины, она прибивается к месту пикника Сатоши, Хикари и Такэши. Юные путешественники решают отнести ослабевшую Шеймин в центр покемонов, и тут начинается их новое приключение!

Команда Сатоши продолжает своё путешествие по региону Хоэнн, и в пути они встречает семью Хироми. Они артисты, которые устраивают представления с водными покемонами. Также герои знакомятся с покемон-рейнджером Джеком и узнают о его миссии. За ними по пятам гонится пират Фантом. Что же ему нужно?Сатоши и его друзьям придётся слегка намокнуть ради того, чтобы узнать истину, скрытую в глубинах царства водных покемонов!

Сатоши и его друзья отправляются в Ларусс, где они встречают мальчика по имени Тоои, который после перенесённой четыре года назад психологической травмы боится покемонов. В это время полностью оправившийся после боя Деоксис атакует Хоэнн, установив барьер вокруг города и похищая людей. Покемон по имени Рейкваза, живущий в озоновом слое Земли, приходит, дабы одолеть его.

Жадный коллекционер покемонов Гелардан стремится поймать Лугию, чтобы пополнить свою коллекцию. В качестве приманки для своей основной цели Гелардан тревожит и ловит Запдоса, Артикуно и Молтреса — легендарных покемонов-птиц, управляющих элементами молнии, льда и огня соответственно. Из-за этого природный баланс на Земле рушится, и жизнь на планете зависит от того, смогут ли таинственный «избранный» и Лугия объединить свои силы в попытке исправить сложившееся положение.

Мальчик по имени Сатоши отправляется в поездку, чтобы стать мастером покемонов, с его первым покемоном Пикачу. В его путешествии к нему присоединяется Такэши — одержимый девочками горный тренер покемонов, и Касуми — пацанка, водный тренер покемонов, которая, возможно, влюблена в первого.Сатоши с командой проезжают различные области, включая Канто, Оранжевые острова и Дзёто, и затем принимают там участие в «Лиге покемонов».По пути они сталкиваются с обособленной организацией под названием «Команда-ракета», в которую входят трое воров покемонов Мусаши, Коджиро и Мяут. Каждый раз злобное трио пытается наворотить дел, но благодаря Сатоши и его покемону их попытки заканчиваются провалом.