Пробудившийся ото сна легендарный ледяной покемон Кюрэм готовится обрушить на Юнову свою ужасающую мощь. Одолев в сражении отряд покемонов «Мечников справедливости», он даёт возможность сбежать одному из них — Кельдео. Скитаясь в поисках укрытия от грядущего бедствия, Кельдео натыкается на надёжных тренеров: Сатоши, Дента и Айрис. Это даёт Кельдео так необходимый ему шанс на реванш с ледяным монстром. И даже, возможно, победу на ним.

Сатоши и его друзья посещают парк для покемонов. После того, как Пикачу получает наказ следить за Тогепи, начинается день веселья и отдыха. К сожалению, в итоге всё получается далеко не так, как было задумано.

Пикачу и его друзья должны спасти потерявшегося Тогепи.

Сакаки, лидер команды «R», находит сбежавшего Мьюту в одном из отдалённых районов региона Джото и собирается вновь поймать его, похищая и используя в качестве приманки его подопечных, покемонов-клонов.В это время Сатоши и его друзья попадают в плен к новому члену команды «R» — Домино. Начинается битва за жизнь, во время которой Мьюту предстоит понять, есть ли у покемонов, созданных с помощью науки, предназначение в жизни.

Сатоши вместе с друзьями прибывает в королевство Камарон, чтобы поучаствовать в турнире. Юный тренер покемонов выходит победителем, а в награду получает посох сэра Аарона, который по легенде спас королевство от нападения несколько сотен лет назад. Посох оказывается местом заточения легендарного покемона Лукарио, который вдруг вырывается из него и утверждает, что сэр Аарон никакой не герой, а предатель, бросивший его и королевство на произвол судьбы. Тем временем Пикачу, маленький друг Сатоши, внезапно пропадает! Теперь Сатоши и его верным спутникам предстоит отправиться на его поиски. Смогут ли они его найти? И сможет ли Сатоши подружиться с Лукарио и заслужить его доверие?

Сатоши, Касуми и Такэши попадают в столицу воды — Альтомар. Здесь они совершенно случайно встречают Латиас и Латиоса — покемонов-хранителей сокровища «Капля сердца», о существовании которых в городе ходят легенды.Всемирно известные воровки Заннер и Лион стремятся завладеть таинственным артефактом, и их действия грозят стереть Альтомар с лица земли.

Жадный коллекционер покемонов Гелардан стремится поймать Лугию, чтобы пополнить свою коллекцию. В качестве приманки для своей основной цели Гелардан тревожит и ловит Запдоса, Артикуно и Молтреса — легендарных покемонов-птиц, управляющих элементами молнии, льда и огня соответственно. Из-за этого природный баланс на Земле рушится, и жизнь на планете зависит от того, смогут ли таинственный «избранный» и Лугия объединить свои силы в попытке исправить сложившееся положение.

С помощью генной инженерии учёные начали воссоздавать редких и вымерших покемонов по анализу ДНК. Однажды, в одной из секретных лабораторий, вывели Мьюту. Он был создан из ДНК легендарного покемона — Мью.В это же время нашим героям — Эшу, Мисти и Броку — приходит приглашение на боевой турнир покемонов.Что ждёт ребят? Кто тайный организатор турнира? Сможет ли Эш стать чемпионом?

Мальчик по имени Сатоши отправляется в поездку, чтобы стать мастером покемонов, с его первым покемоном Пикачу. В его путешествии к нему присоединяется Такэши — одержимый девочками горный тренер покемонов, и Касуми — пацанка, водный тренер покемонов, которая, возможно, влюблена в первого.Сатоши с командой проезжают различные области, включая Канто, Оранжевые острова и Дзёто, и затем принимают там участие в «Лиге покемонов».По пути они сталкиваются с обособленной организацией под названием «Команда-ракета», в которую входят трое воров покемонов Мусаши, Коджиро и Мяут. Каждый раз злобное трио пытается наворотить дел, но благодаря Сатоши и его покемону их попытки заканчиваются провалом.