Пробудившийся ото сна легендарный ледяной покемон Кюрэм готовится обрушить на Юнову свою ужасающую мощь. Одолев в сражении отряд покемонов «Мечников справедливости», он даёт возможность сбежать одному из них — Кельдео. Скитаясь в поисках укрытия от грядущего бедствия, Кельдео натыкается на надёжных тренеров: Сатоши, Дента и Айрис. Это даёт Кельдео так необходимый ему шанс на реванш с ледяным монстром. И даже, возможно, победу на ним.

События в городе Аламос принесли за собой ряд глобальных изменений в атмосфере. Завеса измерений стала хрупка, что позволило легендарному покемону Гиратине покинуть пределы своего измерения и вступить в бой с Диалгой. По какой-то причине под раздачу попал и маленький покемон Шеймин. Убегая от гнева Гиратины, она прибивается к месту пикника Сатоши, Хикари и Такэши. Юные путешественники решают отнести ослабевшую Шеймин в центр покемонов, и тут начинается их новое приключение!

Сатоши и его друзья отправляются в Ларусс, где они встречают мальчика по имени Тоои, который после перенесённой четыре года назад психологической травмы боится покемонов. В это время полностью оправившийся после боя Деоксис атакует Хоэнн, установив барьер вокруг города и похищая людей. Покемон по имени Рейкваза, живущий в озоновом слое Земли, приходит, дабы одолеть его.

Сатоши, Касуми и Такэши попадают в столицу воды — Альтомар. Здесь они совершенно случайно встречают Латиас и Латиоса — покемонов-хранителей сокровища «Капля сердца», о существовании которых в городе ходят легенды.Всемирно известные воровки Заннер и Лион стремятся завладеть таинственным артефактом, и их действия грозят стереть Альтомар с лица земли.

Мальчик по имени Сатоши отправляется в поездку, чтобы стать мастером покемонов, с его первым покемоном Пикачу. В его путешествии к нему присоединяется Такэши — одержимый девочками горный тренер покемонов, и Касуми — пацанка, водный тренер покемонов, которая, возможно, влюблена в первого.Сатоши с командой проезжают различные области, включая Канто, Оранжевые острова и Дзёто, и затем принимают там участие в «Лиге покемонов».По пути они сталкиваются с обособленной организацией под названием «Команда-ракета», в которую входят трое воров покемонов Мусаши, Коджиро и Мяут. Каждый раз злобное трио пытается наворотить дел, но благодаря Сатоши и его покемону их попытки заканчиваются провалом.