После гибели Третьего Хокагэ в сражении с Орочимару, перед старейшинами Конохи встал вопрос о выборе нового Хокагэ. Эта должность была предложена Джирайе, однако тот отказался, сославшись на то, что есть более достойный кандидат — Цунадэ. Он вместе с Наруто отправился на её поиски, параллельно начав обучение мальчика технике Расэнган. В то же время её нашёл Орочимару вместе с подручным Кабуто и предложил ей оживить Наваки и Дана в обмен на то, что она излечит руки Змеиного Саннина от травм, нанесённых Третьим Хокагэ, и дал ей на размышление некоторое время. Вскоре её обнаружили и Джирайя с Наруто и предложили возглавить Коноху, однако она в резкой форме отказалась. Наруто, оскорблённый таким поведением, вызвал Цунадэ на бой, но быстро проиграл. Тем не менее она пообещала, что признает мечту мальчика стать Хокагэ, если тот сможет овладеть Расэнганом за неделю и, кроме того, подарит ему ожерелье, ранее принадлежавшее Хашираме Сэнджу. После того, как время для раздумий истекло, Цунадэ, предварительно напоив Джирайю, чтобы тот не мог вмешаться, отправилась на встречу с Орочимару. Передумав в последний момент, она под видом лечения попыталась атаковать Змеиного Саннина, однако тот уклонился. На помощь в битве ей пришли обессиленный Джирайя, Шизунэ и Наруто. Каждый из легендарных Саннинов призвал для боя своё существо: Цунадэ — слизня Кацую, Джирайя — жабу Гамабунту, а Орочимару — змею Манду. После того, как Цунадэ была сильно ранена, Шизунэ и Наруто для помощи ей вступили в бой с Кабуто. Когда казалось, что Якуши одержал верх, Наруто использовал против него Расэнган. В итоге после отчаянного сражения Орочимару и Кабуто пришлось отступить. Цунадэ же сдержала своё обещание — передала Наруто ожерелье Первого Хокагэ, а сама, в свою очередь, согласилась возглавить деревню. Прибыв в Коноху, она излечила раненых Рока Ли, Какаши и Саскэ, после чего взяла в ученики Сакуру. Два с половиной года спустя начали появляться большие проблемы. Её размолвки со старейшинами Конохи, Хомурой и Кохару, стали всё более очевидными. Она переформировала команду Какаши — временным лидером стал её поверенный, член АНБУ, Ямато. Однако, используя власть, Данзо удалось протолкнуть в группу своего человека — члена «Корня» АНБУ, Сая. Взбешённая Цунадэ приказала Ямато тщательно следить за ним. После получения сведений о том, что лидер Акацуки находился в Деревне Дождя, Джирайя высказал Цунадэ желание отправиться туда в одиночку. Несмотря на душевную тревогу, Цунадэ позволила ему это. Практически сразу после новости о гибели Джирайи на Коноху напал Пейн. Цунадэ отправила разделившуюся на множество частей Кацую к каждому жителю города для координации обороны и мероприятий по лечению раненых. Использовавшая практически всю чакру, она, ослабленная, впала в кому, приобретя истинный облик старухи. Вскоре Цунадэ пришла в сознание, вернув прежнее лицо, и узнала о том, что на Совете Пяти Кагэ было объявлено о создании общей военной силы. Во время войны находилась в штаб-квартире рядом с главнокомандующим Райкагэ и отдавала приказы наравне с ним. Узнав, что Наруто покинул убежище на острове-черепахе, она вместе с Райкагэ выступила навстречу Наруто, но тому удалось убедить командующих пропустить его и Киллера Би. После известия о воскрешении Мадары Учихи с помощью Эдо Тэнсэй вместе с другими Кагэ отправилась на поле боя, чтобы противостоять ему. Её исцеляющая сила достигла в этом бою предела, и лучшую технику Цунадэ, практически мгновенно восстанавливающую её тело, Мадара превозмог, лишь разрубив Цунадэ пополам огромным деревом. Известно также, что этой технике Пятая Хокагэ обучила Сакуру Харуно. С помощью Кацую Цунадэ смогла прожить достаточно, чтобы излечить раны остальных Кагэ, и продержаться до прихода подмоги от Орочимару и команды «Така». Как и все синоби, стала одной из жертв Вечного Цукуёми.