События аниме разворачиваются в древней Японии. Главного героя Дзюна Тэндо против его воли перемещают во времени, дабы он принял сторону знати и помог той выиграть войну против о́ни. В скором времени юноша попадает на территорию о́ни и понимает, что для каждой стороны своя правда. После чего ему предстоит тяжёлый выбор. Какую же из сторон Дзюн примет?

История разворачивается в альтернативном мире, где политическое влияние и власть разделены между двумя огромными государствами: империей Роял и республикой Фрост. Незадолго до начала основных событий между данными государствами происходило сражение за мировое влияние, из-за которого в империи Роял наступило «смутное время». Большинство жителей империи встали на «темную тропу», стали заниматься грабежами и разбоями, а также всячески устраивать себе жизнь за счет других жителей. Чтобы как-то исправить ситуацию, имперское правительство создало свое подразделение, получившее от одного из его офицеров Алисы Малвин название «Тыквенные ножницы».Сюжет сосредоточен на выполнении подразделением различного рода заданий для поддержания порядка в нестабильном государстве, а также на ведении борьбы с обнаглевшими бандитами и ворами.

Добро пожаловать в Деревню Скрытого Листа! Деревня, где живет звезда сериала «Наруто», Наруто Узумаки. Каждый день сильные и бесстрашные ниндзя выполняют миссии и учатся, чтобы отточить свои навыки. Наш главный герой — один из этих ниндзя... но это не Наруто! Это синоби, который не может использовать ниндзюцу — Рок Ли! Несмотря на это, у Ли есть мечта: он упорно тренируется каждый день, чтобы усовершенствовать свои боевые навыки и стать великолепным ниндзя! Под вспыльчивой опекой своего учителя, Майто Гая, он работает рядом со своими товарищами по команде — Тэн-Тэн и Нэджи Хюгой. Наблюдать за тренировками и участвовать в миссиях вместе с Рок Ли — это и есть приключения!

Действие данного аниме происходит в далеком будущем, в котором около 12 лет назад произошла техногенная катастрофа, названная «Разрушительным падением». В результате этого происшествия у главного героя сюжета — сурового охотника за головами, Роя Реванта умирает жена, и пропадает дочь. После этого характер Роя меняется в «темную» сторону и продолжает оставаться таковым до тех пор, пора в один из серых дней на него с неба не падает маленькая зеленоволосая девушка-андроид по имени Солти, которая не помнит ничего о себе, но зато обладает сверхспособностями. В ходе сюжета Рою предстоит разгадать тайну происхождения своей таинственной гостьи, а также узнать, что случилось, и жива ли его дочь.

Таинственная команда ниндзя нападает на Коноху и причиняет деревне большой ущерб. Назревает повторение кошмарной войны скрытых деревень. Чудом выжившие в битве Наруто, Сакура и Хината отправляются на помощь приграничной деревне. Впереди их ждут новые битвы и неожиданные встречи. Ведь Саскэ вновь встретится со своей бывшей командой, и никому неизвестно, будут ли старые друзья биться на одной стороне или сойдутся против друг друга!

Демон, что когда-то почти уничтожил мир, освобожден! Теперь предотвратить печальный исход может лишь один человек — девушка по имени Шион. Она владеет двумя силами — запечатывание демонов и предсказание. Конечно, на девушку начинают охоту демонические силы, и команда Наруто, Сакуры, Ли и Нэджи должна защитить Шион и помочь ей запечатать демона. Однако Шион предсказывает смерть Наруто. И что он теперь будет делать? Разумеется, как всегда, идти наперекор судьбе!

Кэйити Морисато никак не мог дождаться, когда же начнётся его университетская жизнь, ведь до этого его всегда во всём преследовали неудачи: проблемы с друзьями, проблемы в любви, проблемы в учёбе. Возможно, он просто родился под несчастливой звездой, но с поступлением в университет ничего толком не изменилось.В один будний день, когда у Кэйити было море дел, оставленных ему отсутствующими семпаями, ему зачем-то понадобилось позвонить одному из них. Каково же было его удивление, когда на другом конце вместо семпая оказалась служба Божественной Помощи! И немного погодя, прямо из зеркала в его комнате появляется прекрасная богиня по имени Верданди, явившаяся, чтобы выполнить любое желание Кэйити.

Наступил знаменательный день для Деревни Скрытого Листа. Мечта Наруто наконец-то осуществится. Его признали все жители деревни, а семья и друзья полностью поддерживают его. Казалось бы, что может случиться плохого в такой замечательный день?

Из разных деревень начали пропадать ниндзя с модифицированным геномом. Подозрения пали на Страну Огня. По приказу Цунадэ, Какаши решил пожертвовать собой, дабы предотвратить намечающуюся войну. Специальные колокольчики Какаши, оставленные у Наруто, помогают тому вспомнить самый первый урок сэнсэя, что подталкивает Узумаки во что бы то ни стало, сражаясь и с друзьями, и с противниками, вернуть наставника «Команды №7», заставляя поверить в себя тех, кто унаследовал Волю Огня.

Боруто Узумаки — сын Наруто Узумаки, героя Скрытого Листа и седьмого Хокагэ. Главный герой сей истории весьма одарён, но ненавидит работу Наруто и поэтому считает его неважным отцом. Боруто считает своего отца героем, и в его сердце возникает желание превзойти героический путь отца, и лучшей идеей для этого становится намерение стать учеником человека, который знал его отца с ранних лет и являлся одновременно соперником и лучшим другом. Но что думает об этом сам Саскэ Учиха? В то время, как команда Боруто обзаведётся своим сэнсэем, Боруто будет называть учителем Саскэ. Итак, наступает новая эпоха для жизни нового поколения синоби.

И бой продолжается вновь — Наруто поручена важная миссия! На этот раз ему надо захватить Мукадэ, который скрывается где-то в руинах долины Оран. Наруто находит изгоя и вступает с ним в бой, в результате чего каким-то образом переносится в прошлое на 20 лет, где встречает четвертого Хокагэ Минато Намиказэ! Теперь им обоим предстоит найти способ вернуть Наруто в своё время!

После ареста за покушение на главу Деревни Скрытого Облака Наруто заключен в замке Хозукиджо, также известном как «Кровавая тюрьма». Хозяин замка Муй использует дзюцу «лишения свободы» на заключенных, чтобы те не могли сбежать, используя свои техники. Но Наруто не собирается сдаваться! Он докажет свою невиновность и раскроет правду замка Муя вместе со своими друзьями.

Прошёл год после того, как богиня Верданди вышла из зеркала к Кэйити Морисато и пообещала остаться с ним навсегда. Возникают новые препятствия для их общего счастья, есть угроза разрыва контракта между Верданди и Кэйити.