Еще одно дополнение к франшизе «Призрак в доспехах», рассказывающее о появлении Девятого отдела МВД Японии.Отдел занимается различного рода расследованиями, которые не под силу вести полиции. Мотоко Кусанаги — майор, в детстве перенесшая многочисленные операции по кибернетизации тела и ставшая полноценным киборгом — оказывается под командованием Дайсукэ Арамаки, чтобы расследовать дело о взрыве бомбы. Однако помимо нее, Арамаки привлек к делу еще одного подозрительного человека, ветерана и экс-рэйнджера, по чьей вине случилось множество различных кровавых конфликтов в Южной Америке — Бато, и детектива Тогуса. Это послужило началу формирования Девятого отдела. Вместе эта троица должна дать отпор всем террористам.

Далёкое будущее. Человечество, пережившее «наночуму», в большинстве своём, отринув свои бренные тела, переселилось в виртуальный мир под названием DEVA. На первый взгляд может показаться, что человечество наконец обрело настоящий рай. Но на поверку выходит всё не так радужно. Объём памяти DEVA, который делится на всех живущих в ней, ограничен. Всех паразитов общества и нарушителей спокойствия сажают в архив, виртуальную тюрьму, а их память освобождают. Потому все жители только и занимаются тем, что стараются доказать свою полезность всеми возможными способами. Ведь, чем больше ты полезен для общества, тем больше памяти тебе выделяют и тем бо́льшую свободу ты обретаешь. И вот одна из таких «работяг», Анжела Бальзак из Службы безопасности, получает своё очередное задание — выследить в реальном мире некого Первопроходца, хакера, который уже множество раз подвергал DEVA взлому. А в качестве поддержки Анжела получает робота последней модели и Зарика Кадзивару, напарника-проводника из числа людей, оставшихся жить в реальном мире.

После окончания жестокой Мировой Войны в Японии наука сделала резкий скачок вверх и начала развиваться не по дням, а по часам, давая человечеству выбор продолжать жить и ослаблять страдания с помощью современной кибернетики. Все человечество связано с помощью системы умов и личностей, известных как «Призраки». Самой большой угрозой цивилизации являются кибер-террористы, которые способны украсть человеческие тела и память.Когда вирус под названием FIre-Starter заражает систему и начинает распространяться, происходит убийство премьер-министра Японии, совершенное таинственным киборгом. Майора Мотоко Кусанаги и её элитную команду оперативников специального назначения призывают выследить источник заражения. Копаясь всё глубже и глубже в расследовании, они обнаруживают следы правительственной коррупции и подозрительного брокера, который может иметь к этому отношение.Когда цель может находиться где угодно и выглядеть как угодно, единственный выбор, который остаётся, — это доверять своему Призраку и надеяться, что Вы не заражены.

Освободившись от своих обязанностей с 501-ым секретным отделом, Мотоко Кусанаги теперь должна выполнять приказы Дайсукэ Арамаки. Кто-то взломал искусственный интеллект Логикомы и Бато начинает собирать команду. Он заручается поддержкой бывшего армейского офицера разведки Исикавы и специалиста по взрывчатке и подрывному делу Бомы. Кусанаги также стремится привлечь к этому расследованию снайпера Сайто и тайного агента Падзу. Девятый отдел разворачивает очередную операцию.